从 numpy 数组创建 nifti 文件

Question

我有一个 numpy 数组，我想将其转换为 nifti 文件。通过文档，PyNIfTI 似乎曾经使用以下方式执行此操作：

image=NiftiImage(Array)

但是，不再支持 PyNIfTI。 PyNIfTI 的继承者 NiBabel 似乎不支持此功能。我肯定错过了什么。有人知道怎么做吗？

Answer 1

较新的替换函数 NiBabel package would be called Nifty1Image. However, you are required to pass in the affine transformation 定义图像相对于某个参考系的位置。

最简单的形式如下所示：

import nibabel as nib
import numpy as np

data = np.arange(4*4*3).reshape(4,4,3)

new_image = nib.Nifti1Image(data, affine=np.eye(4))

您还可以使用 Nifti2Image 写入 NIfTI-2 文件格式，这也需要仿射变换。

Answer 2

接受的答案就足够了。我为此添加了几行详细解释。

import nibabel as nib
import numpy as np

data = np.arange(4*4*3).reshape(4,4,3)

new_image = nib.Nifti1Image(data, affine=np.eye(4))

函数 np.eye(n) returns 一个 n x n 单位矩阵。
这里 np.eye(4) 用于生成 4 x 4 矩阵，因为 Nifti 处理 4 x 4 文件格式。因此，通过与 4 x 4 单位矩阵相乘，将 3 x 3 矩阵转换为 4 x 4。

所以，总是 affine = np.eye(4) 会起作用。

同样适用于Nifti1Image和Nifti2Image

Creating a nifti file from a numpy array