ssh 中的路径与 pandoc 和 knitr 的 Rstudio 服务器

Question

我是运行使用预制 AMI 的 Rstudio AWS 实例 (http://www.louisaslett.com/RStudio_AMI/)。使用这个我可以启动到 rstudio 服务器。我可以创建一个默认的 .Rmd 文件并毫无问题地编织。我在最后收到正常消息（粘贴，路径可能是相关的）。

/usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /usr/local/lib/R/site-library/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /tmp/RtmpeN2em3/rmarkdown-str156c3b3566c1.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/usr/local/lib/R/site-library/rmarkdown/rmd/h/highlight

此外，我可以转到 shell rstudio 选项工具 -> shell 并键入

Rscript -e "rmarkdown::render("test.html")"

而且织得很好。

但是，当我 ssh 进入同一个实例（git bash 终端），并尝试使用相同的代码行呈现同一个文档。我得到：

    ubuntu@ip-172-31-17-88:/home/rstudio$ Rscript -e "rmarkdown::render("test.html")"
Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found.
Execution halted

我是否误解了 ssh 中的路径行为？

如果我输入：

pandoc
The program 'pandoc' is currently not installed. You can install it by typing:
sudo apt-get install pandoc

那么 rstudio 服务器是如何编织到 html 的呢？

Answer 1

RStudio 将环境变量 RSTUDIO_PANDOC 设置为包含 RStudio IDE/Server 附带的 pandoc 二进制文件的目录。当您调用 rmarkdown::render() 时，rmarkdown 会尝试从该环境变量中查找 pandoc。

当然，当你运行在RStudioIDE/Server中编程时，这个环境变量是存在的，但它不太可能在RStudio之外设置。您可以将 RStudio pandoc 目录添加到 PATH，或者运行 RStudio 中的所有内容。

PATH=/usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc/:$PATH Rscript -e "rmarkdown::render("test.Rmd")"

你当然可以通过 apt-get install 自行安装 Pandoc，但我不确定你的 Ubuntu 发行版中是否存在足够的 Pandoc 版本。

ssh 中的路径与 pandoc 和 knitr 的 Rstudio 服务器

Paths in ssh versus Rstudio server for pandoc and knitr

r

amazon-ec2

pandoc

knitr

rstudio-server