在unix中重命名文件夹中的多个文件

Question

我的文件夹中有多个文件，我想缩短名称。这是输入文件

输入

S_12_O_319_K27ac_S12818.sorted.bam
S_12_O_319_K27me3_S12815.sorted.bam
S_12_O_319_K4me1_S12816.sorted.bam
S_12_O_319_K4me3_S12817.sorted.bam
S_14_AS_11_K27ac_S12843.sorted.bam
S_14_AS_11_K27me3_S12840.sorted.bam
S_14_AS_11_K4me1_S12841.sorted.bam
S_14_AS_11_K4me3_S12842.sorted.bam
S_12_O_319_K27ac_S12818.sorted.bam.bai
S_12_O_319_K27me3_S12815.sorted.bam.bai
S_12_O_319_K4me1_S12816.sorted.bam.bai
S_12_O_319_K4me3_S12817.sorted.bam.bai
S_14_AS_11_K27ac_S12843.sorted.bam.bai
S_14_AS_11_K27me3_S12840.sorted.bam.bai
S_14_AS_11_K4me1_S12841.sorted.bam.bai
S_14_AS_11_K4me3_S12842.sorted.bam.bai

输出

S_12_O_319_K27ac.bam
S_12_O_319_K27me3.bam
S_12_O_319_K4me1.bam
S_12_O_319_K4me3.bam
S_14_AS_11_K27ac.bam
S_14_AS_11_K27me3.bam
S_14_AS_11_K4me1.bam
S_14_AS_11_K4me3.bam
S_12_O_319_K27ac.bam.bai
S_12_O_319_K27me3.bam.bai
S_12_O_319_K4me1.bam.bai
S_12_O_319_K4me3.bam.bai
S_14_AS_11_K27ac.bam.bai
S_14_AS_11_K27me3.bam.bai
S_14_AS_11_K4me1.bam.bai
S_14_AS_11_K4me3.bam.bai

请注意，我的文件有两个不同的扩展名，一个是*.bam，另一个是*.bam.bai。我想一次重命名所有这些以缩短名称。从所有这些中删除部分 _S12843.sorted。请注意，这是第 5 个下划线，而 _S12843 后面的数字对于不同的文件是不同的。唯一相似的模式是字符串 sorted。所以想截断整个部分以缩短名称。我怎样才能用 bash or rename or sed 来实现。任何帮助，将不胜感激。我可以删除排序后的字符串，但不能删除数字。

Answer 1

使用 rename 实用程序，您可以执行以下操作：

rename 's/_[^_.]+\.sorted//' *.sorted.*

如果你没有 rename 然后使用这个 for 循环：

for f in *.sorted.*; do
   mv "$f" "${f/_S[[:digit:]]*.sorted}"
done

Answer 2

这可能适合您 (GNU sed)：

sed -r 's/^(.*)_[^_.]*\.[^.]*(.*)/mv "&" ""/e' file

或：

sed -r 's/^(.*)_[^_.]*\.[^.]*(.*)/mv "&" ""/' file | shell

其中 shell 可能是 bash 等

在unix中重命名文件夹中的多个文件

Renaming multiple files in a folder in unix

unix

bash

awk

sed

file-rename