使用循环和 if else 语句有条件地处理（bgzip、tabix）文件

Question

我有一些 .vcf 文件。我已从我的目录中选择了这些文件，并希望将它们转换为其他两种格式。

我在这里使用 if 和 else if 有点困惑。我想这样做：如果第 [i] 个 .vcf 文件没有 .bgz 文件，我想将其转换为 .bgz 文件并保留原始文件。

如果已经有 .bgz 文件，但第 [i] 个 .bgz 文件没有 .bgz.tbi 文件，那么我想将 .bgz 文件转换为.bgz.tbi 文件保留了我从 .vcf 文件中获得的原始 .bgz。

有人可以帮我完成这个循环吗？它适用于 if 条件，但不知道如何从那里开始。

  path.file<-"/mypath/for/files/" 
  all.files <- list.files("/mypath/for/files")
  all.files <- all.files[grepl(".vcf$",all.files)]

for (i in 1:length(all.files)){
 if(!exists(paste0(all.files[i],".bgz"))){
  bgzip(paste0(path.file,all.files[i]), overwrite=FALSE)
  }else{(!exists(paste0(all.files[i],".bgz",".tbi"))){
  #if(!exists(paste0(all.files[i],".bgz",".tbi"))){
  indexTabix(paste0(paste0(path.file,all.files[i]),".bgz"), format="vcf")
  }
 }

Answer 1

试试这个（未测试）：

#get VCF files with path
all.files <- list.files("/mypath/for/files", pattern = "*.vcf$",
                        full.names = TRUE)

for (i in all.files) {
  #make output names, so we don't mess about with paste
  file_bgz <- paste0(i, ".bgz")
  file_bgz_tbi <- paste0(i, ".bgz.tbi")

  #if bgz exists don't zip else zip
  if(!exists(file_bgz))
    bgzip(i, paste0(i, ".bgz"))

  #if tbi exists don't index else tabix
  if(!exists(file_bgz_tbi))
    indexTabix(file_bgz, format = "vcf")
  }

使用循环和 if else 语句有条件地处理（bgzip、tabix）文件

Conditionally process (bgzip, tabix) files using loop and if else statement

if-statement

r

bioinformatics

vcf-variant-call-format