R中的pheatmap。如何获得集群

Question

我正在对大数据使用 pheatmap。我的目的是对行和列进行聚类并分析主要聚类。我上传数据 table 并按如下方式执行热图：

 library (pheatmap)
 data<-read.table ("example.txt", header = TRUE)
 pheatmap(data)

通过这个我得到了我的数据的热图。我的 example.txt 看起来像这样：

    a   b   c   d   e   f
a   1   0.1 0.9 0.5 0.65    0.9
b   0.1 1   0.39    0.83    0.47    0.63
c   0.9 0.39    1   0.42    0.56    0.84
d   0.5 0.83    0.42    1   0.95    0.43
e   0.65    0.47    0.56    0.95    1   0.14
f   0.9 0.63    0.84    0.43    0.14    1

可能这是一个非常愚蠢的问题，但无论如何我都会post。运行 pheatmap(data) 后，如何获取簇对应的元素？我是否必须以某些特定方式保存结果并通过其他 R 包进行分析？

Answer 1

获取 pheatmap 的结果并使用 cutree。提取 10 个簇，例如你可以这样做：

library(pheatmap)
res <- pheatmap(mtcars)
mtcars.clust <- cbind(mtcars, 
                      cluster = cutree(res$tree_row, 
                                       k = 10))
head(mtcars.clust)
# mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb cluster
# Mazda RX4         21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4       1
# Mazda RX4 Wag     21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4       1
# Datsun 710        22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1       2
# Hornet 4 Drive    21.4   6  258 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1       3
# Hornet Sportabout 18.7   8  360 175 3.15 3.440 17.02  0  0    3    2       4
# Valiant           18.1   6  225 105 2.76 3.460 20.22  1  0    3    1       3

请参阅 ?pheatmap、?hclust 和 ?cutree 以获得帮助。

R中的pheatmap。如何获得集群

pheatmap in R. How to get clusters

r

pheatmap