在包安装过程中与 .libPaths 混淆

Question

这可能会被引导我到帮助文件的人回答，但到目前为止我显然错过了它。我的困惑是，当我安装一个包时（有时），它似乎没有默认为我的 .libPaths 的内容 - 相反它似乎想要安装到它没有权限的网络路径。

这是我的库路径

>.libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-3.3.0/library"

如果我尝试在不指定 lib 参数的情况下安装此包，它似乎正在尝试保存到网络文件夹（我已经在错误消息中更改了网络驱动器的名称，但你明白了）：

 > install.packages("rmarkdown")
 trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/rmarkdown_0.9.6.zip'
 Content type 'application/zip' length 2182803 bytes (2.1 MB)
 downloaded 2.1 MB

 package ‘rmarkdown’ successfully unpacked and MD5 sums checked

 The downloaded binary packages are in
 C:\Users\my.name\AppData\Local\Temp\RtmpkFVHnn\downloaded_packages
 Warning message:
 In dir.create(configDir, recursive = TRUE) :
 cannot create dir '\server.name\server_directory', reason 'Permission denied'

但是，如果我在 "lib" 参数中指定 .libpaths()，那么它就可以工作。但这不是 lib 参数的默认值吗？

> install.packages("rmarkdown",lib=.libPaths())
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/rmarkdown_0.9.6.zip'
Content type 'application/zip' length 2182803 bytes (2.1 MB)
downloaded 2.1 MB

package ‘rmarkdown’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
C:\Users\jordan.watson\AppData\Local\Temp\RtmpkFVHnn\downloaded_packages

但这并不是每次都会发生。例如，我只是通过简单地写 install.packages("forecast").

来加载 "forecast" 库没问题

我只是想更好地理解这种行为。有人可以解释为什么会这样吗？我在 Windows 7 上，没有完全的管理员权限 - 但我对 C 驱动器上的 R 文件夹有管理员权限。

提前道歉，我不能做一个可重现的例子 - 这不是那种类型的问题。

Answer 1

约旦，

我的感觉是你的设置不正确。

建议的解决方案

尝试运行以下命令，看看是否能解决问题。

注意： 我在下面的示例中用 <user> 替换了我的 userid。

.libPaths( c( "C:/Users/<user>/Documents/R/win-library/3.3", .libPaths()) )

说明

我希望 .libPaths() 到 return 两个目录，默认情况下不是一个。

> .libPaths()
[1] "C:/Users/<user>/Documents/R/win-library/3.3" "C:/Program Files/R/R-3.3.0/library"

当您安装 R 时，它会在

下安装基础库

C:/Program Files/R/R-3.3.0/library

任何新库通常会添加到：

"C:/Users/<user>/Documents/R/win-library/3.3"

如果您键入 View(installed.packages())，您将能够看到软件包的安装位置。

R 安装附带的包（base、stats 和近 30 个其他包）存储在您安装 R 的任何位置的 library 子目录中。您可以通过以下方式检索它的位置：

> R.home("library")
[1] "C:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/library"

> .Library
[1] "C:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/library

您还可以获得一个用户库，用于安装只能由您访问的软件包。 Windows下的位置，对于R版本x.y.z，在主目录的R/win-library/x.y子文件夹中，主目录可以通过：

找到

> path.expand("~")
[1] "C:/Users/<user>/Documents"

> Sys.getenv("HOME")
[1] "C:/Users/<user>/Documents"

问题

因此，我希望 .libPaths() 到 return 两条路径，而不是一条路径，这意味着您以某种方式错误配置了 R 安装 libpath。

希望以上内容对您有所帮助。

参考文献：

https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/libPaths.html
学习 R 作者：Richard Cotton

在包安装过程中与 .libPaths 混淆

Confusion with .libPaths during package install

r

install.packages

建议的解决方案

说明

问题