如何在 perl 上正确指定这些变量？

Question

我运行一个分子动力学模拟，它给了我 2,000 个轨迹文件。这些文件的文件名格式为 au25-c2-benzalacetone.001，最大为 2000。我编写了一个通用的 perl 程序，但它没有读取 2,000 个文件。我如何修改我的代码，以便它读取每个文件并分别提取我想要的每个文件的坐标？我需要 2,000 coordinates_of_interest.dat 个文件。这里的 tinker 文件是 au25-c2-benzalacetone 文件。这是我写的代码：

#!/usr/bin/env perl
use Math::VectorReal;
use Math::Trig qw/acos/;
use strict;
use warnings;


   my $file1 = $ARGV[0];
   my $n1 = $ARGV[1];
   my $n2 = $ARGV[2];
   my $tinker_file = sprintf "%s.%03d"

   my( $file1, $n1, $n2 ) = @ARGV; 

  foreach $tinker_file (glob "$tinker_file.*") {
     print "Filename: $tinker_file\n";
  }

   my $file2 = "coordinates_of_interest.dat";
   my %lines_of_interest = map { $_ => 1 } 18, 25, 26;


{
open(FILE2, '>', $file2) or die "couldn't open the file!";

for(my $i=$n1;$i<=$n2;$i++){
{
open(FILE1, '<', $tinker_file) or die "couldn't open the file!";
{

my $num_lines = keys %lines_of_interest;

while (<FILE1>) {
   if ($lines_of_interest{$.}) {
      print FILE2;
      last unless --$num_lines;
              }
            }
         }
       }
    }
 }

~
~
~

Answer 1

如果文件格式是 au25-c2-benzalacetone.001，您的第一个问题似乎是 $i 可能不是三位数。你可能想要my $tinker_file = sprintf "%s.%03d", $file1, $i;

我注意到的另一个问题是您一直打开 "coordinates_of_interest.dat" 进行写入，而不是追加，因此只有最后一个文件才会有它的三行。我建议，如果您要为所有输入写入单个文件，请在 for 循环的外部（之前）打开该文件，并在循环结束后关闭它完成。

Answer 2

glob 是您的朋友，请使用通配符并搜索目录：

my ( $filespec, $n1, $n2 ) = @ARGV; 

foreach my $file ( glob "$filespec.*" ) { 
   print "Filename: $file\n";
}

或者您可以使用 glob 扩展模式：

my $expr = join ",", 0..9;

foreach my $entry ( glob ( "test.{$expr}{$expr}{$expr}" ) ) {
   print $entry,"\n";
}

但我可能会坚持第一个，因为这将确保文件确实存在。

Answer 3

These files have the file name format au25-c2-benzalacetone.001 up to 2000.

my $tinker_file = sprintf "%s.%03d"

除了这一行不完整之外，您不能在三位数字段中输入 1 到 2000 之间的数字。这可能就是您的脚本没有读取所有文件的原因。

如何在 perl 上正确指定这些变量？

How do I specify these variables correctly on perl?

arrays

variables

perl

chemistry