调整 matplotlib 颜色图以显示模拟

Question

我正在根据这个实验构建一个小模拟： https://www.youtube.com/watch?v=plVk4NVIUh8 ，它显示了细菌随时间的演变。

我在培养皿边缘初始化了一些具有随机抗性的细菌：

随着细菌的传播，与未被占据的space的对比越来越小，经过100代后变成了这样：

我用plt.matshow(Map)做图，其中Map是一个二维numpy数组，有细菌抗性值（总是大于0），非占用的space表示为0. 我尝试了不同的颜色映射，但没有帮助。我的目标是让非占用 space 一些恒定的深色，被感染的space有些浅色，对比一下电阻值的不同。

你能帮我吗？

Answer 1

对于低值，例如 'magma'，您可以获得深色的 colormap 并定义，正如 Andreas 建议的 'vmin' 值。例如

import matplotlib.pyplot as plt
from scipy import rand

a = rand(10, 20) + 0.5
a[0, 0] = 0
cmap = plt.get_cmap('magma')
img = plt.pcolormesh(a, cmap=cmap, vmin=0,)
img.figure.show()

干杯！ S

Answer 2

我能够使用对数归一化使可视化效果更好：假设我的 bacteriaMap 具有完全不同的电阻值：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib as mpl

size=10
a = rand(size, size) * 0.2
b = rand(size, size) * 2
c = rand(size, size) * 20
sumMap = np.concatenate((a,b,c), axis=1)

sumMap 是要绘制的 numpy 数组，有小号、中号和大号。构建颜色图和标准化器：

maxval=np.max(sumh)
minval=np.min(sumh)
colormap = plt.get_cmap('magma')
norm = mpl.colors.LogNorm(vmax=maxval, vmin=minval)

如果我使用标准化，地图会像这样：

img = plt.pcolormesh(sumh, cmap=colormap,  norm=norm)
img.figure.show()

如果我不这样做：

img = plt.pcolormesh(sumh, cmap=cmap,  )
img.figure.show()

调整 matplotlib 颜色图以显示模拟

Adjusting matplotlib colormap to show simulation

python

simulation

numpy

matplotlib