编写图形并保留顶点名称

Question

我正在尝试创建一个图形，然后使用函数 write.graph（程序包 igraph）编写它。因此，我创建了距离矩阵

require(vegan)
data(dune)
dis <- vegdist(dune)

然后我明确定义行名：

x <- c("dune1")
for (i in 1: 20){
  n <- paste("dune", i, sep="")
  x <- append(x, n)

}
rownames(dune) <- x

通过以下过程，我通过最小生成树算法创建了一个无向图。

gg  <- graph.adjacency(as.matrix(dis), weighted=TRUE)
gg_mst <- as.undirected(mst(gg))

此时我想用pajek打开它。为此，我使用 write.graph:

write.graph(gg_mst, "graph.net", format="pajek")

得到下图：

名字丢失了！

然而，如果我使用不同格式的相同函数：

write.graph(gg_mst, "graph.txt", format="ncol")

我获得了一个保存行名的文件：

dune1 dune3 0.448275862068966
dune2 dune3 0.341463414634146
dune2 dune10 0.294117647058824
dune3 dune4 0.270588235294118
...   ...   ...

是否与使用格式为“pajek”的 write.graph 相关的错误？

Answer 1

您需要为顶点分配 id 属性，以便能够在 pajek 查看器中显示顶点的名称，例如这个 http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub%20/networks/pajek/default.htm 或盖菲。需要像下面这样修改几行代码：

dis <- vegdist(dune)
x <- c()
for (i in 1: 20){
  n <- paste("dune", i, sep="")
  x <- append(x, n)  
}
gg  <- graph.adjacency(as.matrix(dis), weighted=TRUE)
gg_mst <- as.undirected(mst(gg))
V(gg_mst)$id <- x # assign the ids
write.graph(gg_mst, "graph.net", format="pajek")

使用 pajek 打开会正确显示顶点 ID。

编写图形并保留顶点名称

Writing a graph and keeping the vertex names

r

igraph

vegan

network-analysis