glmulti - 多核选项？

Question

我正在使用 'R' 库 "glmulti" 并执行详尽搜索。

相关代码：

local1.model <- glmulti(est, # use the model with built as a starting point
                        level = 1,  #  just look at main effects
                        method = "h",
                        crit="aicc") # use AICc because it works better than AIC for small sample sizes

变量"est"是一个通知glmulti的拟合GLM。

如果我是一个基于 Java 的程序，必须做同样的事情几十万次，那么我会使用多个内核。

我的 glmulti 没有有效地使用我的内核。

有没有办法切换它以充分利用我的系统？

注意：当我使用 'h2o' 时，它可以最大化 CPU 并且对内存产生很大的影响。

Answer 1

R 是单线程的（除非该函数建立在具有自己的线程的库上）。您可以使用 rparallel 库（核心 R 的一部分）手动将并行化添加到您的代码中：http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/parallel/doc/parallel.pdf

我会 class 它的使用非常重要。它在 R 之上有点 hack，因此它会进行大量内存复制，如果您关心效率，则需要考虑发生了什么。

glmulti 看起来应该是并行的（即每个参数组合都可以并行完成，即使使用遗传算法也是如此）。我的猜测是他们打算添加它，但开发停止了（自 2009 年 9 月以来没有更新）。

glmulti - 多核选项？

glmulti - multicore options?

r

rjava

glm