pandas 的数据框不输出表格

Question

我一直致力于从大量文件中提取数据。我想形成一个 table 的数据，文件基本名称作为最左边的列，然后是数字数据。到目前为止，我一直在测试一个包含 8 个文件的文件夹，但我希望能够读取数百个文件。

我试过添加索引，但这似乎导致了更多问题。我附上了我想出的最接近工作的代码，以及输出。

在：

import re, glob
import pandas as pd

pattern = re.compile('-\d+\D\d+\skcal/mol', flags=re.S)
for file in glob.glob('*rank_*.pdb'):
    with open(file) as fp:
        for result in pattern.findall(fp.read()):
            Dock_energy = {file:[],result:[]}
            df = pd.DataFrame(Dock_energy)
            df.append(df)
    df = df.append(df)
    print(df)

这似乎适用于提取数据，但它不是我正在寻找的形式。

输出：

Empty DataFrame
Columns: [-10.02 kcal/mol, MII_rank_8.pdb]
Index: []
Empty DataFrame
Columns: [-12.51 kcal/mol, MII_rank_5.pdb]
Index: []
Empty DataFrame
Columns: [-13.47 kcal/mol, MII_rank_4.pdb]
Index: []
Empty DataFrame
Columns: [-14.67 kcal/mol, MII_rank_2.pdb]
Index: []
Empty DataFrame
Columns: [-13.67 kcal/mol, MII_rank_3.pdb]
Index: []
Empty DataFrame
Columns: [-14.80 kcal/mol, MII_rank_1.pdb]
Index: []
Empty DataFrame
Columns: [-11.45 kcal/mol, MII_rank_7.pdb]
Index: []
Empty DataFrame
Columns: [-12.47 kcal/mol, MII_rank_6.pdb]
Index: []

是什么导致了断裂 table，为什么我的列与我希望的顺序相反？非常感谢任何帮助。

Answer 1

这应该更接近您的意图：

all_data = []
for file in glob.glob('*rank_*.pdb'):
    with open(file) as fp:
        file_data = []
        for result in pattern.findall(fp.read()):
            file_data.append([file, result])
    all_data.extend(file_data)
df = pd.DataFrame(all_data, columns=['file', 'result'])
print(df)

pandas 的数据框不输出表格

data frame with pandas not outputing tabular

regex

glob

python-3.x

pandas