SNPRelate：如何在 PCA 图中为总体赋予特定颜色
SNPRelate: how to give specific color to a population in PCA plot
我正在使用 SNPRelate 进行 PCA 分析。它为不同的人群使用默认颜色，但我想根据我的情况为它们着色。绘图命令是这样的：
plot(tab$EV2, tab$EV1, col=as.integer(tab$pop),cex=1.2,pch=20,
+ xlab="eigenvector 2", ylab="eigenvector 1")
legend("topleft", legend=levels(tab$pop), cex=1,pch=20, col=1:nlevels(tab$pop))
输入文件的头部是这样的：
sample.id弹出EV1 EV2
1 A1 POP_I -0.10172849 0.03619405
2 A2 POP_I -0.15951814 0.08234857
3 A3 POP_I -0.15632495 0.08180843
4 A4 POP_I -0.09679447 0.07981108
5 A5 POP_I 0.11362360 -0.03186038
6 A6 POP_I 0.05594095 -0.05498351
定义颜色列表：
col.list <- c("gray", "blue", "green", "red", "blue", "yellow", ...)
plot(tab$EV2, tab$EV1, col=col.list[as.integer(tab$pop)], cex=1.2, pch=20, xlab="eigenvector 2", ylab="eigenvector 1")
legend("topleft", legend=levels(tab$pop), cex=1,pch=20, col=1:nlevels(tab$pop))
我正在使用 SNPRelate 进行 PCA 分析。它为不同的人群使用默认颜色，但我想根据我的情况为它们着色。绘图命令是这样的：
plot(tab$EV2, tab$EV1, col=as.integer(tab$pop),cex=1.2,pch=20, + xlab="eigenvector 2", ylab="eigenvector 1") legend("topleft", legend=levels(tab$pop), cex=1,pch=20, col=1:nlevels(tab$pop))
输入文件的头部是这样的：
sample.id弹出EV1 EV2 1 A1 POP_I -0.10172849 0.03619405 2 A2 POP_I -0.15951814 0.08234857 3 A3 POP_I -0.15632495 0.08180843 4 A4 POP_I -0.09679447 0.07981108 5 A5 POP_I 0.11362360 -0.03186038 6 A6 POP_I 0.05594095 -0.05498351
定义颜色列表：
col.list <- c("gray", "blue", "green", "red", "blue", "yellow", ...)
plot(tab$EV2, tab$EV1, col=col.list[as.integer(tab$pop)], cex=1.2, pch=20, xlab="eigenvector 2", ylab="eigenvector 1")
legend("topleft", legend=levels(tab$pop), cex=1,pch=20, col=1:nlevels(tab$pop))