Snakemake：通配符列表中通配符的随机顺序

Question

我在函数中索引 snakemake 通配符时遇到问题。由于某种原因，变量在 "Wildcards" 列表中的存储顺序有所不同。我使用该函数为我的一个规则生成输入文件的路径，并且随着正确值的位置发生变化，该规则仅在每几次查询中成功一次。如何控制或固定通配符在 "Wildcards" 列表中的位置？我添加了我的Snakefile的相关内容。

谢谢，祖普

#!/usr/bin/env python3
import glob
import re

R_BIN = "Rscript"

pop = "lineA lineB".split()
group = "test control".split()
chrom = "X Y".split()

def getInput(Wildcards):
    pop = str(Wildcards[0])
    group = str(Wildcards[1])
    chrom = str(Wildcards[2])
    path = "Resources/bed/" + pop + "_" + group + r"_rep[1-5]/" + pop + "_" + group + r"_rep[1-5]_chr" + chrom + ".bed"
    return(glob.glob(path))

rule BED2BS:
    input:
        getInput
    output:
        wd + "Resources/bs/{pop}_{group}/{group}_chr{chrom}.RDS"
    shell:
        R_BIN + " Scripts/Script1.R {input} {output}"

Answer 1

Snakemake 不保留来自的通配符顺序（请注意，不同的输出和输入文件可以在不同的顺序中使用相同的通配符。因此，没有可以从通配符在文件模式）。但是，您可以按名称处理通配符值，例如：

wildcards.group

请考虑通过Snakemake tutorial。

Snakemake：通配符列表中通配符的随机顺序

Snakemake: Random order of wildcards in wildcards list

python

wildcard

snakemake