构建使用 RcppArmadillo、RcppEigen 并依赖于 Cpp11 插件的 R 包

Question

我遵循了迄今为止在本网站或德克、哈德利或其他人发表的笔记中解释的所有程序。但是，由于有关 cpp11 插件的问题，我在构建包时仍然遇到问题。

我使用了RcppArmadillo.package.skeleton()函数。我把我的cpp文件放在src目录下。 NAMESPACE 文件看起来应该包含 importFrom(Rcpp, sourceCpp) 行。我还编辑了 DESCRIPTION 文件，并在 LinkingTo 部分添加了 RcppEigen 和我使用的其他包。我终于运行 R 中的 compileAttributes(verbose=TRUE) 函数，一切看起来都很好。因此，我认为我已经做了我应该做的一切。我还必须提到，当我使用 sourceCpp() 在 R 中编译我的代码时，它运行完美并且编译没有错误！为了更好地说明我的依赖项是什么，我将代码的第一块放在这里：

    #include <RcppArmadillo.h>
    #include <RcppNumerical.h>
    #include <RcppArmadilloExtensions/sample.h>
    #include <Eigen/LU> 
    #include <algorithm>

    // [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
    // [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]
    // [[Rcpp::depends(RcppNumerical)]]
    // [[Rcpp::plugins(cpp11)]]

问题是当我构建我的包时，我得到了与 cpp11 插件相关的 auto 类型的行的错误和警告。

在该网站上搜索类似帖子后，我得出结论，我必须强制我的 R 编译器使用 c++11，因此我编辑了位于 Makvars 的文件 ~/.R/Makevars 因为我使用 MAC 我添加了这一行： CXX=clang++ -std=c++11 到那个文件。然而，当我这样做时，这 3 个错误消失了，但由于所有 Armadillo 变量类型（例如 mat、uvec 等）不再被识别，因此生成了 50 个新错误。所以我不知道如何解决这个问题。

我认为基本上放置 // [[Rcpp::plugins(cpp11)]] 应该可以解决这个问题，因为新版本的 Rcpp 支持这个插件，这可能就是为什么当我在 R 中运行 sourceCpp 我没有得到任何错误一切看起来都很好。但我不知道在构建我的包时会发生什么。我的 Rcpp 版本是 0.12.8 。预先感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

依赖项（即其他 headers）和编译器选项的插件供 sourceCpp() 使用。

包使用 LinkingTo: 执行此操作，对于 C++11 指令，或者 src/Makevars 或 SystemRequirements。请参阅 Writing R Extensions 记录此内容。

构建使用 RcppArmadillo、RcppEigen 并依赖于 Cpp11 插件的 R 包

Building R Package that uses RcppArmadillo, RcppEigen and depends on Cpp11 Plugins

armadillo

rcpp

rcpp11

r-package