如何在 gplots heatmap.2 中设置轴标签大小？

Question

我找不到为热图本身设置轴标签大小的方法。传递给 heatmap.2 的 cex.lab 参数无效。调用 par(cex.lab = 2.5) 会对图例轴标签和标题产生影响（这些都加在一起，我无法想象如果只想更改标题会怎样...）。无论如何，我的问题是关于热图轴标签大小。示例代码：

require(gplots)

data(mtcars)
x <- as.matrix(mtcars)
heatmap.2(x, ylab = 'foo bar', xlab = 'bar foo')
par(cex.lab = 5.0)
heatmap.2(x, ylab = 'foo bar', xlab = 'bar foo')

Answer 1

检查 heatmap.2 代码，这是设计使然。 heatmap.2 调用 image 绘制热图，并将额外的关键字参数 (...) 传递给它，因此调用 heatmap.2(..., cex.lab = n, ...) 会成功，并且 image 考虑 par，这样也是可以的。但是这里 xlab 和 ylab 被替换为空字符串，ticklabels 和 axis labels 都在后面绘制：

# from gplots heatmap.2 source:
image(1:nc, 1:nr, x, xlim = 0.5+ c(0, nc), ylim = 0.5+ c(0, nr),
    axes = FALSE, xlab = '', ylab = '', col=col, breaks=breaks,
    ...)

然后使用 mtext 绘制轴标签，它对 par 参数不敏感，但接受 cex 参数，此处未提供：

# from gplots heatmap.2 source:
if(!is.null(xlab)) mtext(xlab, side = 1, line = margins[1] - 1.25)
if(!is.null(ylab)) mtext(ylab, side = 4, line = margins[2] - 1.25)

这意味着这些标签的大小始终相同，而热图有时会很大，所以这可能是个问题。也可以缩小图形设备和所有其他具有自定义选项的文本元素，然后轴标签的相对大小会更大。但是我们如何才能以更灵活的方式解决这个问题呢？我这样修改了代码：

# gplots heatmap.2 code modified:
## add row and column headings (xlab, ylab)
cex.lab <- ifelse(invalid(match.call()$cex.lab), 1.0, match.call()$cex.lab)
if(!is.null(xlab)) mtext(xlab, side = 1,
                         line = margins[1] - 1.25 + cex.lab / 5,
                         cex = cex.lab)
if(!is.null(ylab)) mtext(ylab, side = 4,
                         line = margins[2] - 1.25 + cex.lab / 5,
                         cex = cex.lab)

唯一的问题是定位参数，现在是cex.lab / 5，这样可以避免在合理范围内与ticklabels重叠，但是可能需要在函数中添加另一个参数，如果不合适用户可以修改.

您可以将 heatmap.2.R 从 gplots source 复制到您的工作目录，修改它并获取它：

source('heatmap.2.R')

但是您还需要将这些行添加到开头：

require(gtools)
plot.dendrogram = stats:::plot.dendrogram

如何在 gplots heatmap.2 中设置轴标签大小？

How to set axis label size in gplots heatmap.2?

r

heatmap

gplots