在 Matplotlib 中叠加等高线图

Question

我需要比较 2 个组的二维分布。

当我使用 matplotlib.pyplot.contourf 并叠加图时，每个等高线图的背景颜色会填满整个图 space。有什么方法可以使每个等高线图的最低等高线级别透明，以便更容易看到每个等高线的中心？

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import cm 
import scipy.stats as st

def make_cloud(x, y, std, n=100):
    x = np.random.normal(x, std, n)
    y = np.random.normal(y, std, n)
    return np.array(zip(x, y))

def contour_cloud(x, y, cmap):
    xmin, xmax = -4, 4
    ymin, ymax = -4, 4

    xx, yy = np.mgrid[xmin:xmax:100j, ymin:ymax:100j]
    positions = np.vstack([xx.ravel(), yy.ravel()])
    values = np.vstack([x, y])
    kernel = st.gaussian_kde(values)
    f = np.reshape(kernel(positions).T, xx.shape)

    plt.contourf(xx, yy, f, cmap=cmap, alpha=0.5)


cloud1 = make_cloud(-1, 1, 1)
cloud2 = make_cloud(1, -1, 1)

plt.scatter(x=cloud1[:,0], y=cloud1[:,1])
plt.scatter(x=cloud2[:,0], y=cloud2[:,1], color='red')

fig = plt.gcf()
ax = plt.gca()

contour_cloud(x=cloud1[:, 0], y=cloud1[:, 1], cmap=cm.Blues)
contour_cloud(x=cloud2[:, 0], y=cloud2[:, 1], cmap=cm.Reds)

Answer 1

contourf 中有一些控件需要查看。您可以手动更改不同的级别，您可以更改颜色图 over/under 规格。默认情况下，最低级别以下（或最高级别以上）的区域填充似乎是透明的。

所以，做你想做的最简单的方法是手动指定级别并指定它们，使得点低于最低级别，但没有高于最高水平的任何分数。

如果替换：

plt.contourf(xx, yy, f, cmap=cmap, alpha=0.5)

与：

step = 0.02
m = np.amax(f)
levels = np.arange(0.0, m, step) + step
plt.contourf(xx, yy, f, levels, cmap=cmap, alpha=0.5)

生成如下图像：

有关值 over/under 颜色图值的行为的更多详细信息，请参阅 here。

在 Matplotlib 中叠加等高线图

Overlay Contour Plots in Matplotlib

matplotlib

contour