每次循环迭代都创建一个新字典

Question

我正在尝试从 VCF 文件中提取位置和 SNP。到目前为止，我已经写了以下内容。但是我怎样才能更改字典的名称，以便最终为每个输入文件得到一个字典？

即：python vcf_compare.py file1.vcf file2.vcf file3.vcf

import sys

import vcf

for variants in sys.argv[1:]:
    file1 = {} 
    vcf_reader = vcf.Reader(open(variants))
    for record in vcf_reader:
        pos = record.POS
        alt = record.ALT
        ref= record.REF
        snps[pos]=ref,alt

因此为 argv[1] 创建了一个名为 file1 的字典。我怎样才能使字典更改名称为例如文件二用于循环的第二次迭代？

Answer 1

你应该使用 collections.defaultdict 也应该使用 with open(...):

from collections import defaultdict

files = defaultdict(dict)
for filename in sys.argv[1:]:
    with open(filename) as f:
        vcf_reader = vcf.Reader(f)
        for record in vcf_reader:
            files[filename][record.POS] = record.REF, record.ALT

所有这些不错的 python 技巧使代码更易读，更短，使用更少的中间临时变量。此外，使用 with open() 可确保每个文件在读取后自动关闭。

此外，如您所见，您可以选择更好的变量名，并且还可以大大减少代码行数。

Answer 2

简答：你不能。对于许多早期程序员来说，这是一个令人难以置信的令人沮丧的事实。修复：另一本字典！在 variants for 循环之外，创建另一个字典并使用文件名作为键。示例（你不能只复制粘贴这个，因为我不知道如何使用 vcf 库）：

import sys

import vcf

all_files = {}
for variants in sys.argv[1:]:
    #didn't see file1 used, and didn't see snps created
    #so figured file1 was snps...
    snps = {} 
    vcf_reader = vcf.Reader(open(variants))
    for record in vcf_reader:
        pos = record.POS
        alt = record.ALT
        ref= record.REF
        snps[pos]=ref,alt
    all_files[variants] = snps

我在这里假设 variants 是字符串形式的文件名。如果不是，请将 all_files[variants] 中的 variants 替换为您要用作其键的字符串。

每次循环迭代都创建一个新字典

Create a new dictionary with each iteration of loop

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