计算 TraMiner 中每个序列的转换率

Question

有没有办法为数据集中的所有序列（即id）生成转换矩阵？

在我的例子中，我的数据是 TSE 格式，所以我使用了 TraMineRextras 包的一些函数。

我的意图是遍历每个序列，但是当我想计算给定 id 的转换率时，在执行 TSE_to_STS() 函数后出现以下错误：

Error in 'rownames'<-('tmp', value = "1") : attempt to set 'rownames' on an object with no dimensions

在 TSE_to_STS() 的参数中看起来至少需要两个序列。

test.events <- c("A","B","C")
test.stm <- seqe2stm(test.events, dropList=list("A"=test.events[-1], B=test.events[-2], C=test.events[-3]))
test.tse <- data.frame(id = c(1,1,1), time = c(1,2,3), event = c("A","B","C"))
test.sts <- TSE_to_STS(test.tse, id = "id", timestamp = "time", event = "event", stm=test.stm, tmin=1, tmax=4, firstState="None")
test.seqdef <- seqdef(test.sts,informat = "STS")
seqtrate(test.seqdef)

Answer 1

TraMineRextras 中的函数 TSE_to_STS 和 TraMineR 中的 seqtrate 用于一组序列，不适用于单个序列。这是因为它们在内部使用了不适用于向量的表的函数。

解决方法是添加一个带有虚拟事件的虚拟序列，并从概率转换的结果矩阵中删除该虚拟事件。

test.events <- c("A","B","C","X")
test.stm <- seqe2stm(test.events, dropList=list("A"=test.events[-1],
     B=test.events[-2], C=test.events[-3], X=test.events[-4]))
test.tse <- data.frame(id = c(99,1,1,1), time = c(0,1,2,3), 
     event = c("X","A","B","C"))
test.sts <- TSE_to_STS(test.tse, id = "id", timestamp = "time", 
     event = "event", stm=test.stm, tmin=1, tmax=4, firstState="None")
test.seqdef <- seqdef(test.sts,informat = "STS")
test.trate <- seqtrate(test.seqdef)
test.trate[-nrow(test.trate),-ncol(test.trate)]

希望对您有所帮助。

Answer 2

根据 Gilbert 的解释，这是我修改后的代码。它创建了一个具有不同 ID (=99) 的相同序列。由于两个序列的转换率相同，因此转换矩阵与用一个序列计算的相同。它无需创建虚拟事件即可工作。

test.events <- c("A","B","C")
test.stm <- seqe2stm(test.events, dropList=list("A"=test.events[-1], B=test.events[-2], C=test.events[-3]))
test.tse <- data.frame(id = c(1,1,1), time = c(1,2,3), event = c("A","B","C"))
test.tse.bis <- test.tse
test.tse.bis[,1] <- 99
test.tse <- rbind(test.tse,test.tse.bis)
test.sts <- TSE_to_STS(test.tse, id = "id", timestamp = "time", event = "event", stm=test.stm, tmin=1, tmax=4, firstState="None")
test.seqdef <- seqdef(test.sts,informat = "STS")
seqtrate(test.seqdef)

计算 TraMiner 中每个序列的转换率

Compute transition rates for each sequence in TraMiner

r

traminer