从 R 中的 coxph 中提取 pvalues 和 se(coef)

Question

我正在尝试简化我的代码以避免循环，但是一旦我运行我的 cox 比例风险代码提取系数的 p 值和标准误差，我就遇到了困难。我的代码如下：

library(survival)

#Generate Data
x = matrix(rbinom(10000,1,.5),ncol=100)
y = rexp(ncol(x),.02)
censor = rbinom(ncol(x),1,.5)
event = ifelse(censor==1,0,1)

#Fit the coxph model to the data
ans = apply(x,1,function(x,y,event)coxph(Surv(y,event)~x),y=y,event=event)

#Extract the coefficients from ans
coef = unname(sapply(ans,function(x)x$coef))

如您所见，我能够从对象 ans 中提取系数，但无法提取 p 值和标准误差。有没有一种简单的方法可以从我的 ans 对象执行此操作？或者修改此代码的简单方法来做到这一点？

Answer 1

您只需添加这两行代码即可获得 p 值和标准误差。

pValues <- sapply(1:length(ans), function(x) {summary(ans[[x]])$coefficients[5]})

sd <- sapply(1:length(ans), function(x) {summary(ans[[x]])$coefficients[3]})

从 R 中的 coxph 中提取 pvalues 和 se(coef)

Extracting pvalues and se(coef) from coxph in R

r

survival-analysis