在 R 中使用文件名进行循环

Question

我有一个文件列表，例如：

nE_pT_sbj01_e2_2.csv, nE_pT_sbj02_e2_2.csv, nE_pT_sbj04_e2_2.csv, nE_pT_sbj05_e2_2.csv, nE_pT_sbj09_e2_2.csv, nE_pT_sbj10_e2_2.csv

如您所见，除了'sbj'（主题编号）不连续外，其他文件的名称相同。

我需要运行一个for循环，但我想保留原来的题目编号。这该怎么做？我假设我需要将 length(file) 替换为保留主题原始编号的内容，但不确定该怎么做。

setwd("/path")

file = list.files(pattern="\.csv$") 
for(i in 1:length(file)){
  data=read.table(file[i],header=TRUE,sep=",",row.names=NULL)
  source("functionE.R")
  Output = paste("e_sbj", i, "_e2.Rdata")
  save.image(Output)
}

上面的代码给出了输出：

e_sbj1_e2.Rdata,e_sbj2_e2.Rdata,e_sbj3_e2.Rdata, e_sbj4_e2.Rdata,e_sbj5_e2.Rdata,e_sbj6_e2.Rdata.

相反，我想获得：

e_sbj01_e2.Rdata,e_sbj02_e2.Rdata,e_sbj04_e2.Rdata, e_sbj05_e2.Rdata,e_sbj09_e2.Rdata,e_sbj10_e2.Rdata.

Answer 1

如果使用正则表达式和sprintf（或paste0），不用循环就可以轻松搞定：

fls <- c('nE_pT_sbj01_e2_2.csv', 'nE_pT_sbj02_e2_2.csv', 'nE_pT_sbj04_e2_2.csv', 'nE_pT_sbj05_e2_2.csv', 'nE_pT_sbj09_e2_2.csv', 'nE_pT_sbj10_e2_2.csv')


sprintf('e_%s_e2.Rdata',regmatches(fls,regexpr('sbj\d{2}',fls)))

[1] "e_sbj01_e2.Rdata" "e_sbj02_e2.Rdata" "e_sbj04_e2.Rdata" "e_sbj05_e2.Rdata" "e_sbj09_e2.Rdata" "e_sbj10_e2.Rdata"

您可以轻松地将向量提供给一个函数（如果可能的话），或者使用 sapply 或 lapply

将函数提供给向量

fls_new <- sprintf('e_%s_e2.Rdata',regmatches(fls,regexpr('sbj\d{2}',fls)))

res <- lapply(fls_new,function(x) yourfunction(x))

Answer 2

删除扩展名 "csv"，然后添加 "Rdata"，并在循环中使用文件名，例如：

myFiles <- list.files(pattern = "\.csv$") 

for(i in myFiles){
  myDf <- read.csv(i)
  outputFile <- paste0(tools::file_path_sans_ext(i), ".Rdata")
  outputFile <- gsub("nE_pT_", "e_", outputFile, fixed = TRUE)
  save(myDf, file = outputFile)
}

注意：我更改了你的变量名，尽量避免使用函数名作为变量名。

Answer 3

如果我理解正确，您只需将扩展名从 .csv 更改为 .Rdata，删除最后一个“_2”并将前缀从 "nE_pT" 更改为 "e"。如果是，这应该有效：

Output = sub("_2.csv", ".Rdata", sub("nE_pT, "e", file[i]))

在 R 中使用文件名进行循环

For loop with file names in R

filenames

loops

r