遍历R中for循环中的子目录

Question

我有一个包含 365 个子目录的大目录，其中包含一年中每一天的图像。我创建了一个函数，我想将其应用于这些子目录中的每个图像。目前，这就是我所拥有的：

library(raster)
library(zebu)

#List all of the 365 sub-directories within my main directory
days <- list.files(full.names = F , recursive =F, pattern='*X2000*')

#Apply my function to each directory within "days"
for(j in 1:length(days)){

    named <- paste0("full_",j)

    in.list <- list.files(recursive = T, full.names = F)

    stitched <- mosaicList(in.list)

    writeRaster(stitched, path='D:/Scratch/DataConvert/Daymet_Data/Full/' , 
    filename=named, overwrite=TRUE)
}

此循环的目标是将函数 "mosaicList" 应用于每个子目录中的图像。问题是，当 for 循环运行s 时，对象 "in.list" 包含与 "days" 相同的子目录，而不是在子目录中列出图像。结果它试图同时为每个子目录运行我的函数，我得到错误

Error: cannot allocate vector of size 14.2 Gb

我是 R 的新手，所以我不太确定哪里出了问题。有没有人对解决这个问题有任何见解？

Answer 1

循环中的 list.files 有问题：

in.list <- list.files(recursive = T, full.names = F)

list.files的默认路径参数是“.”，即当前目录。也许更改为：

in.list <- list.files(path=days[j], recursive = T, full.names = T)

会修复。

遍历R中for循环中的子目录

Iterate through sub-directories in for loop in R

for-loop

r

r-raster