如何阻止包在 Rstudio 启动时加载

Question

我有一个我一直在做的 Rstudio 项目。自从我上次将 Rstudio 更新为 1.0.143 - Mac OS X 10.6+（64 位）后，项目无法启动。我认为它可能链接到一个在启动时自动加载的包，并且出于某种原因尚未决定停止使用 R/Rstudio。 XLConnect...

我试过从目录中删除 .RData、.Rhistory 和 .Rproj.user。只有删除 .RData 有效并且 Rstudio 启动没有问题。我的目录、我的主目录或站点范围的文件中似乎没有任何 .RProfile 文件。

现在我什至无法打开 Rstudio 会话，因为它因错误而崩溃

R encountered a fatal error. The session was terminated.

我可以毫无问题地打开其他 Rstudio 会话。

当我打开一个单独的 R 会话（没有 R 工作室）并尝试

load('path/to/.RData')

我收到以下错误消息：

* caught segfault * address 0x18, cause 'memory not mapped'

Traceback: 1: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)

2: library.dynam(lib, package, package.lib)

3: loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]])

4: asNamespace(ns)

5: namespaceImportFrom(ns, loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]), i[[2L]], from = package)

6: loadNamespace(name)

7: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)

8: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])

9: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)

10: tryCatch(loadNamespace(name), error = function(e) { warning(gettextf("namespace %s is not available and has been

replaced\nby .GlobalEnv when processing object %s", sQuote(name)[1L], sQuote(where)), domain = NA, call. = >FALSE, immediate. = TRUE) .GlobalEnv})

11: ..getNamespace(c("openxlsx", "4.0.17"), "uwc.sel.book")

12: load("./Dropbox/OxfordTT2017/DNAextraction_26052017/ColWork2017/Fielddata_04052016/.RData")

Possible actions:

1: abort (with core dump, if enabled)

2: normal R exit

3: exit R without saving workspace

4: exit R saving workspace

所以我正在寻找一种方法来阻止 Rstudio 会话在启动时加载包（我不确定为什么它首先这样做，因为我不记得设置任何类型的 RProfile。 .).

Answer 1

看来您在之前的RStudio seeion中创建了一些对象，它们需要特定的包。当您关闭 RStudio 时，您的工作区保存在 .RData 文件中。然后，如果您再次启动该项目，RStudio 将尝试恢复上一个工作区，但这些对象需要某些包才能工作。所以你看到 RStudio 在启动时加载了这些包。

例如新建一个RStudio项目。

install.packages('phylobase')
library(phylobase)
mytree <- phylo4(x=matrix(data=c(4,1, 4,5, 5,2, 5,3, 0,4), ncol=2, byrow=TRUE), tip.label=c("speciesA", "speciesB", "speciesC"))

关闭该项目并重新打开它（确保保存工作区）。

R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"
...
Type 'q()' to quit R.

[Workspace loaded from W:/work/Git/bookdown-minimal/.RData]

Loading required package: phylobase
> search()
 [1] ".GlobalEnv"        "package:phylobase" "tools:rstudio"     "package:stats"     "package:graphics" 
 [6] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"        
[11] "package:base"

mytree是S4的class对象，可以看到自动加载了phylobase。您可以参考 S4 classes.

的文档

解决方案

您必须安装所需的软件包或放弃 .RData 文件。
您可以通过 Tools -> Global Options... 取消选中 Resotore .RData into workspace at startup 来阻止 RStudio 在启动时加载包。您仍然不能使用 .RData 文件中的对象，除非您执行 1.

Answer 2

这就是我解决问题的方法：

下面的所有内容都在包含 *.RProj 文件的目录中。

首先，我在终端中通过运行 'hid' .RData 文件。

mv .RData ./.RData_old

接下来，我运行在 R 会话中（不是 Rstudio）：

remove.packages('XLConnect', 'XLConnectJars')

然后我关闭了 R 会话并打开了 Rstudio 项目以确保它在没有 RData 文件的情况下也能正常打开。

之后我取回了我的 RData 文件

mv .RData_old ./.RData

终于，我再次打开了项目文件，转瞬即逝！

它抱怨没有安装包，但至少我知道需要哪些包。而且，我的数据和结果都没有丢失。

Answer 3

分享我的解决方案：在 Rstudio 中，工具 -> 全局选项 -> 常规 -> 取消选中“在启动时恢复最近打开的项目”

之前我删除了我的 .Rprofile，默认的 .Rdata，并在全局选项中取消选中“启动时将 .RData 恢复到工作区”。 None 其中阻止了不需要的包在启动 Rstudio 时加载。

我现在正在调试可能导致问题的项目，因为我不知道正在打开一个项目。

不确定这是否能解决您的问题，但我发现此页面试图调试我的问题，但我没有在其他任何地方看到取消选中“在启动时恢复最近打开的项目”。

如何阻止包在 Rstudio 启动时加载

How can I stop a package from loading on startup in Rstudio

r

rstudio

rdata

xlconnect

解决方案