x 轴上时间的过渡 (Sankey) 图

Question

我有一个转换矩阵如下：

1.  A  A  B
2.  B  C  A
3.  A  C  C

其中每一列代表周期，每一行代表一个代理，每个字母代表一个状态。我想创建一个图，例如 Sankey Diagram，它显示每个时期从一个状态到另一个状态的转换。代理人的身份并不重要。
所以我想要这样的情节：

。
It seems 我可以使用 networkD3 或 googleVis 包。然而，由于每个节点的位置是由包内生决定的，我不知道如何将时间方面放在 X 轴上。

任何帮助或替代可视化建议将不胜感激，非常感谢，

您可以通过以下方式重现示例数据：

    transitiondata <- data.frame("t1"=c("A","B","A"),
                                 "t2"=c("A","C","C"),
                                 "t3"=c("B","A","C"))

Answer 1

Self-answering 来自未来：ggalluvial 包，非常适合这个任务，是在那段时间开发的。为了使用它，我们需要提供整洁的数据。

让我们加载我们需要的库：

library(ggplot2)
library(ggalluvial)
library(tidyr)
library(dplyr

然后需要在我们将数据转换为 tidy 格式之前为数据创建标识符。所以新的数据是这样的：

transitiondata$id <- c("id1","id2","id3")

转换为 tidy 格式

transitiondata_tidy <- transitiondata %>% 
                           gather(time, state, t1,t2,t3) %>% 
                           mutate(time = as.factor(time), state = as.factor(state))

我们的数据如下所示：

   id time state
1 id1   t1     A
2 id2   t1     B
3 id3   t1     A
4 id1   t2     A
5 id2   t2     C
6 id3   t2     C
7 id1   t3     B
8 id2   t3     A
9 id3   t3     C

而 ggplot2 和 ggalluvial 可以解决问题：

ggplot(transitiondata_tidy,
       aes(x = time, stratum = state, alluvium = id, fill = state, label = state)) +
  geom_stratum() +
  geom_text(stat = "stratum", size = 3) +
  geom_flow(fill = "darkgrey", color = "black")

我们的转换 (Sankey) 图已准备就绪：

x 轴上时间的过渡 (Sankey) 图

Transition (Sankey) plot with time on x axis

plot

transition

r

sankey-diagram

networkd3