在 R 中重复绘制 ggplots

Question

之前有人问过这个问题，但与我的数据不符，所以我再试一次:)

我想制作多个单独的 ggplots 而不必每次都指定如何制作。我的数据集包含基因表达数据，我想从这些数据中绘制特定基因。

我们以此为例

df <- read.table(header = TRUE, 
                   stringsAsFactors = FALSE, 
                   text="GENE   SYMBOL          Patient1   Patient2   
                   TP53         ILMN_2            3.55        3.66
                   TP53         ILMN_3            5.49        4.99
                   XBP1         ILMN_5            4.06        2.53
                   TP27         ILMN_1            2.53        3.33
                   REDD1        ILMN_4            3.99        4.56
                   ERO1L        ILMN_6            5.02        6.95
                   STK11        ILMN_9            3.64        2.01
                   HIF2A        ILMN_8            2.96        4.76 ")

为了从 df 中绘制选定的基因，我通常会执行以下操作：

首先，我创建了一个对象，可用于在数据框中进行搜索

SYMBOL_info <- select(df, SYMBOL)

然后，我将我感兴趣的基因定义为：

library(dplyr)
library(tidyr)
library(ggplot2)

geneOfInterest <- c(SYMBOL_info == "5")

接下来，在数据框中找到感兴趣的基因并收集数据框以满足 ggplots 要求：

df_gather<- df %>%
  filter(geneOfInterest) %>% 
  gather(key=Patient, value=values, -c(GENE, SYMBOL))

最后，绘制了数据集中感兴趣的基因：

ggplot()+
  geom_point(df_gather, mapping = aes(x=Patient, y=values, color=GENE))+
  labs(title="XBP1 plot", subtitle = "Symbol: 5")+
  ggsave("XBP1_plot.png")

但是，我有很多基因想要绘制，例如TP53、REDD1、STK11 和 HIF1A 的两个版本。关于如何做到这一点而不必每次都更改 geneOfInterest 和代码绘图部分中的信息的任何建议？我想需要做一个 for 循环，但是复制这里给出的其他解决方案对我没有帮助（如下所示：R: saving multiple ggplots using a for loop）。

提前致谢！ :)

编辑：符号值更改为以 ILMN_ 开头，而不仅仅是数字

Answer 1

根据您要绘制的基因和数据的数量，我建议使用这样的构面将所有内容绘制在一个图中：

df %>% 
  filter(Gene %in% c("TP53", "ERO1L", "HIF2A")) %>% 
  gather(key, value, -Gene, -SYMBOL) %>% 
  ggplot(aes(key, value, fill=Gene))+
    geom_col()+
    facet_wrap(~Gene+ SYMBOL, labeller = label_both)

否则试试这个：

sapply(c(2,3,9), function(x){
  geneOfInterest <- df[ df$SYMBOL == x, 1]
  df %>%
   filter(SYMBOL == x) %>% 
   gather(key=Patient, value=values, -Gene,-SYMBOL) %>% 
   ggplot(aes(x=Patient, y=values, color=Gene))+
    geom_point()+
    labs(title="XBP1 plot", subtitle = "Symbol: 5") + 
    ggsave(paste0(geneOfInterest, "_plot.png"))
})

Answer 2

谢谢你，Jimbou！

我只想补充一点，我将您建议的函数更改为这个（以在绘图和文件名中包含基因和符号）：

sapply(c(2,5,9), function(x){
  geneOfInterest <- df[ df$SYMBOL == x, 1]
  df %>%
    filter(SYMBOL == x) %>% 
    gather(key=Patient, value=values, -GENE,-SYMBOL) %>% 
    ggplot(aes(x=Patient, y=values, color=GENE))+
    geom_point()+
    labs(title=paste0(symbolOfInterest, " plot"), subtitle =paste0("Symbol: ", x)) + 
    ggsave(paste0(geneOfInterest,"_symbol_",x, "_plot.png"))
})

在 R 中重复绘制 ggplots

Repeated plotting of ggplots in R

for-loop

r

ggplot2

dplyr

tidyr