docker、openmpi 和 /proc/mounts 行的意外结束

Question

我在 Docker 容器中构建了运行代码的环境。其中一个组件是 OpenMPI，我认为它是问题的根源或表现出来的。

当我使用 MPI 运行编码时，我收到消息，

Unexpected end of /proc/mounts line `overlay / overlay rw,relatime,lowerdir=/var/lib/docker/overlay2/l/NHW6L2TB73FPMK4A52XDP6SO2V:/var/lib/docker/overlay2/l/MKAGUDHZZTJF4KNSUM73QGVRUD:/var/lib/docker/overlay2/l/4PFRG6M47TX5TYVHKQQO2KCG7Q:/var/lib/docker/overlay2/l/4UR3OEP3IW5ZTADZ6OKT77ZBEU:/var/lib/docker/overlay2/l/LGBMK7HFUCHRTM2MMITMD6ILMG:/var/lib/docker/overlay2/l/ODJ2DJIGYGWRXEJZ6ECSLG7VDJ:/var/lib/docker/overlay2/l/JYQIR5JVEUVQPHEF452BRDVC23:/var/lib/docker/overlay2/l/AUDTRIBKXDZX62ANXO75LD3DW5:/var/lib/docker/overlay2/l/RFFN2MQPDHS2Z'
Unexpected end of /proc/mounts line `KNEJCAQH6YG5S:/var/lib/docker/overlay2/l/7LZSAIYKPQ56QB6GEIB2KZTDQA:/var/lib/docker/overlay2/l/CP2WSFS5347GXQZMXFTPWU4F3J:/var/lib/docker/overlay2/l/SJHIWRVQO5IENQFYDG6R5VF7EB:/var/lib/docker/overlay2/l/ICNNZZ4KB64VEFSKEQZUF7XI63:/var/lib/docker/overlay2/l/SOHRMEBEIIP4MRKRRUWMFTXMU2:/var/lib/docker/overlay2/l/DL4GM7DYQUV4RQE4Z6H5XWU2AB:/var/lib/docker/overlay2/l/JNEAR5ISUKIBKQKKZ6GEH6T6NP:/var/lib/docker/overlay2/l/LIAK7F7Q4SSOJBKBFY4R66J2C3:/var/lib/docker/overlay2/l/MYL6XNGBKKZO5CR3PG3HIB475X:/var/lib/do'

为代码行打印该消息

MPI_Init(&argc,&argv);

为了让问题更难理解，仅当 host machine 为 mac os x 时才会打印警告消息，因为 linuxhost一切正常

除了警告消息外，一切正常。我不知道 OpenMPI 和 docker 如何解决这个问题。

Answer 1

这可能是由于您的 /proc/mount 文件中有一行超过 512 个字符，导致 OpenMPI 的 hwloc 模块无法正确解析它。 Docker 倾向于将很长的行放入 /proc/mounts。您可以在 openmpi-1.10.7/opal/mca/hwloc/hwloc191/hwloc/src/topology-linux.c:1677:

中看到错误

static void
hwloc_find_linux_cpuset_mntpnt(char **cgroup_mntpnt, char **cpuset_mntpnt, int fsroot_fd)
{
#define PROC_MOUNT_LINE_LEN 512
  char line[PROC_MOUNT_LINE_LEN];
  FILE *fd;

  *cgroup_mntpnt = NULL;
  *cpuset_mntpnt = NULL;

  /* ideally we should use setmntent, getmntent, hasmntopt and endmntent,
   * but they do not support fsroot_fd.
   */

  fd = hwloc_fopen("/proc/mounts", "r", fsroot_fd);
  if (!fd)
    return;

这可以通过增加 PROC_MOUNT_LINE_LEN 的值来解决，尽管这应该被视为临时解决方法。

Answer 2

自 1.11.3（2 年前发布）以来，此问题应在 hwloc 中得到修复。您可以升级到包含 hwloc 1.11.7 >= 1.11.3 的 OpenMPI 3.0。或者重新编译 OpenMPI 以使用外部 hwloc 而不是旧的嵌入式 hwloc。

docker、openmpi 和 /proc/mounts 行的意外结束

docker, openmpi and unexpected end of /proc/mounts line

linux

openmpi

docker