Snakemake MissingOutputException 延迟等待被忽略

Question

我正在尝试运行在 snakemake 中收集一些 picard 工具指标。 --dry运行工作正常，没有错误。当我实际上运行蛇文件时，由于我不明白的原因，我收到了 MissingOutputException。

首先是我的规则

rule CollectAlignmentSummaryMetrics:
    input:
        "bam_input/final/{sample}/{sample}.ready.bam"
    output:
        "bam_input/final/{sample}/metrics/{reference}/alignment_summary.metrics"
    params:
        reference=config['reference']['file'],
        memory="10240m"
    run:
        "java -Xmx{params.memory} -jar $HOME/software/picard/build/libs/picard.jar CollectAlignmentSummaryMetrics R={params.reference} I={input} O={output}"

现在是错误。

snakemake --latency-wait 120 -s metrics.snake -p
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job counts:
        count   jobs
        38      CollectAlignmentSummaryMetrics
        1       all
        39

rule CollectAlignmentSummaryMetrics:
    input: bam_input/final/TB5173-T14/TB5173-T14.ready.bam
    output: bam_input/final/TB5173-T14/metrics/GRCh37/alignment_summary.metrics
    jobid: 7
    wildcards: reference=GRCh37, sample=TB5173-T14

Error in job CollectAlignmentSummaryMetrics while creating output file bam_input/final/TB5173-T14/metrics/GRCh37/alignment_summary.metrics.
MissingOutputException in line 21 of/home/bwubb/projects/PD1WES/metrics.snake:
Missing files after 5 seconds:
bam_input/final/TB5173-T14/metrics/GRCh37/alignment_summary.metrics
This might be due to filesystem latency. If that is the case, consider to increase the wait time with --latency-wait.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Will exit after finishing currently running jobs.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

--latency-wait 被完全忽略。我什至尝试将其提高到 84600。如果我要运行预期的 picard java 命令，它执行没有问题。我做了几个没有任何神秘问题的 snakemake 管道，所以这让我很生气。感谢您的任何见解！

Answer 1

感谢报告。

使用 run 指令时，延迟等待不会传播，这是一个错误。我已经在 master 分支中修复了它。
在您的规则中，您使用了 run 指令。在 run 之后，Snakemake 需要纯 Python 代码。您只需提供一个字符串。这意味着 Python 将简单地初始化 String 然后退出。您真正想要的是使用 shell 指令。参见 here。通过使用 shell 指令，您当前的问题将得到修复，您应该不会受到该错误的影响。也不需要修改latency-wait。无论如何，延迟等待错误的修复将在 Snakemake 的下一个版本中出现。

Snakemake MissingOutputException 延迟等待被忽略

Snakemake MissingOutputException latency-wait ignored

snakemake