Translate function: "error:sequence is not a vector of chars"

Question

我正在努力使用翻译功能：

我有一个序列矩阵，但我无法弄清楚为什么翻译功能不起作用。

这是我的脚本：

 head(myseq)
     [,1]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
[1,] "CAATTAAGATGCAGTTACTTCGCTGTTTTTCAATATTTTCTGTTATTGCTAGCGTTTTAGCAGCTGGAGAAGTCCAGTTGGTTGAATCCGGTGGCGGGTTGGTTCAACCTGGCCGTTCCCTGCGCCTTTCTTGTGCCGCTTCAGGCTTTACCTTCGACGATTATGCCATGCATTGGGTACGCCAAGCTCCGGGCAAAGGTCTGGAATGGGTGAGTGCCATTACCTGGAATAGCGGCCACATTGACTATGCGGATAGCGTCGAAGGGCGCTTTACCATTAGCCGTGATAACGCGAAGAACAGCCTCTATCTGGACATGAACAGCTTACGTGCGGAAGATACCGCAGTGTACTATTGCGCTAAGGTCAGCTATCTGAGTACTGCCAGTTCCCTGGATTATTGGGGTCAAGGAACCCTGGTGACCGTGTCAAGCGGCGGAGGCGGTTCTGGTGGTGGAGGCAGTBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB"
[2,] "CAATTAAGATGCAGTTACTTCGCTGTTTTTCAATATTTTCTGTTATTGCTAGCGTTTTAGCAGCTGGAGAAGTCCAGTTGGTTGAATCCGGTGGCGGGTTGGTTCAACCTGGCCGTTCCCTGCGCCTTTCTTGTGCCGCTTCAGGCTTTACCTTCGACGATTATGCCATGCATTGGGTACGCCAAGCTCCGGGCAAAGGTCTGGAATGGGTGTCTGCGGCTAGTTGGAGTGGTGGCCACATCGATTATGCCGATAGCGTCGAAGGGCGCTTTACCATTAGCCGTGATAACGCGAAGAACAGCCTCTATCTGGACATGAACAGCTTACGTGCGGAAGATACCGCAGTGTACTATTGCGCTAAGGTCAGCTATCTGAGTACTGCCAGTTCCCTGGATTATTGGGGTCAAGGAACCCTGGTGACCGTGTCAAGCGGCGGAGGCGGTTCTGGTGGTGGAGGCAGTBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB"

translate(myseq[1,],frame=2,sens=F)

Error in s2n(seq, levels = s2c("tcag")) :sequence is not a vector of chars

我检查了我的参数：

class(myseq[1,])

[1] "character"

is.vector(myseq[1,])

[1] TRUE

所以我假设我错过了什么，但我不知道是什么。

Answer 1

解法：

如果您正在使用 seqinr::translate then you can try wrapping your DNA string with s2c。

myString <- "AAACCCGGGTTT"
library(seqinr)

# Without s2c
translate(myString)
Error in s2n(seq, levels = s2c("tcag")) : 
  sequence is not a vector of chars

# With s2c
translate(s2c(myString))
[1] "K" "P" "G" "F"

解释：

translate() 需要的字符向量是 "A" "A" "A" "C" "C" "C" "G" "G" "G" "T" "T" "T" 而不是 "AAACCCGGGTTT"。
您可以使用 strsplit():

生成这样的向量

strsplit(myString, "")
[[1]]
 [1] "A" "A" "A" "C" "C" "C" "G" "G" "G" "T" "T" "T"

all(strsplit(myString, "")[[1]] == s2c(myString))
[1] TRUE

Translate function: "error:sequence is not a vector of chars"

Translate function: "error:sequence is not a vector of chars"

r

dna-sequence