Ignore/No-use 某些规则的集群
Ignore/No-use cluster for certain rules
如果我正在使用 --cluster 和 --cluster-config,有没有一种方法可以在主要的 snakemake 作业中指定某些规则 运行 而不是作为自己的规则提交给集群工作?我有一些非常简单的规则,不会从集群执行中获益太多。事实上,他们甚至没有“__default__”集群配置所需的通配符。
编辑:我也想问一下,如果使用集群,用'run'调用python代码也会在集群上执行吗? (我想我可以测试一下,但我想我也可以解决这个问题)
'localrules' 正是我要找的。我在文档中完全错过了它。
https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#local-rules
谢谢!
如果我正在使用 --cluster 和 --cluster-config,有没有一种方法可以在主要的 snakemake 作业中指定某些规则 运行 而不是作为自己的规则提交给集群工作?我有一些非常简单的规则,不会从集群执行中获益太多。事实上,他们甚至没有“__default__”集群配置所需的通配符。
编辑:我也想问一下,如果使用集群,用'run'调用python代码也会在集群上执行吗? (我想我可以测试一下,但我想我也可以解决这个问题)
'localrules' 正是我要找的。我在文档中完全错过了它。
https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#local-rules
谢谢!