使用 srun 设置 sbatch 环境变量

Question

在 blog post by Pierre Lindenbaum 中，srun 在 Makefile 到运行作业中被调用。我依赖这种技术，但它根本没有使用 sbatch，所以我错过了设置类似 sbatch 的环境变量的机会。我可以将以下内容放在哪里，以便 SLURM 知道该怎么做？

#SBATCH -J testing
#SBATCH -A account
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --begin=now
#SBATCH --mem=1G
#SBATCH -C sb

Answer 1

srun 命令接受几乎所有 sbatch 参数（--array 是一个明显的例外）。在引用的博客 post 中，这些参数设置在以下行：

.SHELLFLAGS= -N1 -n1  bash -c

所以你会写

.SHELLFLAGS= -J testing  -A account  --time=1:00:00 --cpus-per-task --begin=now --mem=1G -C sb bash -c

请注意，如果您指定 --cpu-per-task=1，并且保留一个任务的默认值，这可能意味着节点在您的设置中是共享的；在这种情况下，--mem-per-cpu=1G 比 --mem=1G

更有意义

Setting sbatch environment variables with srun