计算具有固定 gc 含量的随机 RNA 序列的平均转录本长度

Question

尝试计算具有固定 gc 含量（10%、20%、30%、…、90%）的随机 RNA 序列的平均转录本长度

def bias_rna(gc_content):
    rna = 'AUG'
    stop_codon = ['UAG','UAA','UGA']
    while rna[-3:] not in stop_codon:
        for _ in range(3):
            rna += random.choice(('A'+'U')*(100-(gc_content))+('C'+'G')*(gc_content))
    return rna


for numb in [range(10,91,10)]:
    rna2_list = []
    for _ in range(1001):
        rna2_list.append(bias_rna(numb))
    rna2_len = []
    for s in rna2_list:
        rna2_len.append(len(s))
    print ('Average random rna length with  cg: %.2f' % (sum(rna_len)/(len(rna_len))))

但是，该程序不起作用..有什么建议吗？

Answer 1

我做了一些小修改，虽然我对 DNA 一无所知，但它似乎有效：

import random

def bias_rna(gc_content):
    rna = 'AUG'
    stop_codon = ['UAG','UAA','UGA']
    while rna[-3:] not in stop_codon:
        for _ in range(3):
            rna += random.choice(('A'+'U')*(100-(gc_content))+('C'+'G')*(gc_content))
    return rna


for numb in range(10,91,10):
    rna2_list = []
    for _ in range(1001):
        rna2_list.append(bias_rna(numb))
    rna2_len = []
    for s in rna2_list:
        rna2_len.append(len(s))
    print ('Average random rna length with  cg: %.2f' % (sum(rna2_len)/(len(rna2_len))))

基本上，您需要

进口random
删除 range(10,91,10) 周围的括号（这导致您循环遍历包含单个 range 对象的列表，而不是范围本身的内容）
将最后一行的变量 rna_len 重命名为 rna2_len,

查看实际效果 here。

计算具有固定 gc 含量的随机 RNA 序列的平均转录本长度

Calculate average transcript length of random RNA sequences that have a fixed gc content

python

random

dna-sequence