在配置文件 [snakemake] 中使用 Snakefile 变量

Question

是否可以在配置文件中使用 Snakefile 中的变量？在下面的示例中，我希望 Snakefile 将 'foo' 识别为变量名并使用其值。

蛇文件：

from pathlib import Path

foo = Path('path_to_dir')

rule all:
   input:
       config['OUT_FILE')

配置文件：

OUT_FILE: foo / "data/results/abc.png"

如果这不可能，是否有可以使用的替代解决方案？

Answer 1

您可以在配置中使用占位符或相对路径，并在解析配置文件后在 Snakefile 的开头以编程方式替换它。请记住，snakemake 是 python 加上规则语法，因此您可以在工作流程中直接使用任何 python 代码。

Using Snakefile variables in config file [snakemake]