集群上的 Snakemake,避免将一个规则作为一项工作提交

Snakemake on cluster, avoid submitting one rule as a job

我正在使用

执行 snakemake 管道
snakemake --cluster ...

它现在运行良好。然而,由于我不会在这里描述的原因,我希望我的规则之一不作为作业提交,而是在 machine/node 中执行,其中 snakemake 是 运行。有没有可能做这样的例外?

是的,您可以将规则标记为本地规则,请参阅文档:http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html?highlight=Localrules#local-rules