是否可以在 snakemake dry 运行中打印命令而不是规则？

Question

枯燥的运行是工作流语言的一个非常重要的功能。我正在查看的主要是如果我运行命令将执行的内容，这正是运行ning make -n.

时看到的内容

但是类比函数 snakemake -n 打印出类似

的内容

Building DAG of jobs...

rule produce_output:
    output: my_output
    jobid: 0
    wildcards: var=something

Job counts:
    count   jobs
    1   produce_output
    1

日志包含除执行的命令以外的所有内容。有没有办法从 snakemake 获取命令？

Answer 1

snakemake -p --quiet -n

-p 打印 shell 命令
-n 干运行
--quiet 删除其余部分

编辑 2019 年 1 月

对于最新版本的 snakemake，此解决方案似乎已损坏

Answer 2

snakemake -p -n

避免@eric-c 回答中报告的--quiet，至少在某些情况下-p -n -q 上的组合不会打印没有-n.[=14 时执行的命令=]

是否可以在 snakemake dry 运行 中打印命令而不是规则？

Is it possible to print commands instead of rules in snakemake dry run?

snakemake

是否可以在 snakemake dry 运行中打印命令而不是规则？