如何覆盖 snakemake 调用中不在第一级的配置文件中的参数？
How to overwrite a parameter from the configfile that is not at the first level in a snakemake call?
我搞不懂语法。例如：
snakemake --configfile myconfig.yml --config myparam="new value"
这将在工作流执行时覆盖来自 yaml 文件的 config["myparam"] 的值。
但是如果我想覆盖config["myparam"]["otherparam"]怎么办？
谢谢！
这目前是不可能的。一般评论：请注意 --config 应尽可能少地使用，因为它违背了可重复性和数据来源的目标（您必须记住调用 snakemake 的命令行）。
我搞不懂语法。例如：
snakemake --configfile myconfig.yml --config myparam="new value"
这将在工作流执行时覆盖来自 yaml 文件的 config["myparam"] 的值。
但是如果我想覆盖config["myparam"]["otherparam"]怎么办？
谢谢！
这目前是不可能的。一般评论：请注意 --config 应尽可能少地使用，因为它违背了可重复性和数据来源的目标（您必须记住调用 snakemake 的命令行）。