GNU parallel 将多个文件的输出合并为一个。为什么？

Question

我是运行 GNU并行。与我其他分析中的输出不同，此分析的输出很奇怪。

我的代码：

# set the path of the required program
samtools=/usr/local/apps/samtools/0.1.19-gcc412/samtools
TempDir=/gpfs_common/share03/uncg/bkgiri/apps/temp_files/


# run the process for 4 samples in 4 different cores
parallel --tmpdir ${TempDir} --jobs 4 ${samtools} view -b -q 40 realigned_{}.bam -L DNA_Samples.Passed_Variants.Final.bed > realigned_{}Filtered.bam ::: ms01e ms02g ms03g ms04h

我期望每个输入有 4 个不同的输出文件，每个文件命名为 realigned_ms01eFiltered.bam、realigned_ms02gFiltered.bam 等
但是，我得到一个名为 realigned_{}Filtered.bam 的大文件。我以前使用其他工具从未遇到过这个问题。

我也试过：

parallel --tmpdir ${TempDir} --jobs 4 '${samtools} view -b -q 40 realigned_{}.bam -L DNA_Samples.Passed_Variants.Final.bed > realigned_{}Filtered.bam' ::: ms01e ms02g ms03g ms04h

# which now gives me another type of error

有什么建议吗？

Answer 1

如@choroba 所述：> 甚至在 parallel 可以看到它之前就被 shell 解释为重定向。

所以，最后我找到了解决这个问题的两种方法。

方法A：我们可以在" "内解释整个命令，我认为这在功能上更有效。

parallel --tmpdir ${TempDir} --jobs 4 "${samtools} view -b -q 40 realigned_{}.bam -L DNA_Samples.Passed_Variants.Final.bed > realigned_{}Filtered.bam" ::: ms01e ms02g ms03g ms04h

方法 B： 或者，我们可以解释 " " 内的输出。这允许 > 被解释为文本，当 pipedin 作为 stdin 作为输出而不是重定向时。

parallel --tmpdir ${TempDir} --jobs 4 ${samtools} view -b -q 40 realigned_{}.bam -L DNA_Samples.Passed_Variants.Final.bed ">" realigned_{}Filtered.bam ::: ms01e ms02g ms03g ms04h

我测试了这两种方法，两种方法都给出了完全相同的结果。所以，任何一个都可以安全调用。

谢谢，

GNU parallel 将多个文件的输出合并为一个。为什么？

GNU parallel is merging the ouput for multiple files into one. Why?

bash

ubuntu

gnu

gnu-parallel