如何使用 "mnc2nii" 在 bash 中递归地将 MINC 文件转换为 Nifti 格式？

Question

我需要将 MINC 格式 (.mnc) 的图像文件转换为 NIfTI-1 格式 (.nii)。我想在 Ubuntu bash.

中使用 minc-tools 命令 "mnc2nii"

"mnc2nii" 需要输入 (filename.mnc) 和输出 (filename.nii)。

我有多个文件夹和子文件夹，其中包含 MINC 文件。

我正在尝试找到一种方法将所有 .mnc 文件递归地转换为 .nii，以便它们保留其名称和文件夹结构。

示例：

/folder/abc.mnc 中的文件 abc 转换为 /folder/abc.nii

和

/folder/subfolder/xyz.mnc 中的文件 xyz 转换为 /folder/subfolder/xyz.nii.

谢谢

Answer 1

未测试，因为在英国这里已经很晚了，所以请备份并测试一小部分图片的副本。

首先安装GNU Parallel，然后在终端运行:

find /path/to/mnc/files -type f -name \*.mnc -print0 |
   parallel --dry-run -0 mnc2nii {} {.}.nii

如果你喜欢这个外观，运行再去掉 --dry-run。

作为 GNU Parallel 它将非常快速地并行处理它们:-)

How can I convert MINC files to Nifti format recursively in bash using "mnc2nii"?