所有规则和“rules.rule_A.output.output_X”语法的解决方法
Workaround for all rule and `rules.rule_A.output.output_X` syntax
最新版本的 snakemake 允许（并鼓励）规则访问其他规则的输出，例如 rules.rule_A.output.ouput_1。这会大大减少重复和错误。但是，这种方法不适用于 all 规则，因为它必然首先存在于 Snakefile 中，因此无法访问尚未定义的规则。
作为一种解决方法，我找到了一种解决方法，其中 all 规则有一个输入 checkpoint 和一个 checkpoint 规则，它位于Snakefile 并枚举所需的最终输出 rules.rule_X.output.output_Y。但是，我发现此解决方法有些人为设计（导致未触及检查点但其输入被触及的问题）并且我很好奇是否有人有更好的方法。也可以修补 Snakemake，使 all 规则可以驻留在 Snakefile 的 end 处，尽管我不确定这是否可行。
这里的人对是否有像我讨论过的那样更清洁的环境有任何建议吗？或者 Snakemake 的补丁是否可以解决这个问题？
all规则确实可以存在于Snakefile的末尾。你只需要调用 snakemake -- all.
最新版本的 snakemake 允许（并鼓励）规则访问其他规则的输出，例如 rules.rule_A.output.ouput_1。这会大大减少重复和错误。但是，这种方法不适用于 all 规则，因为它必然首先存在于 Snakefile 中，因此无法访问尚未定义的规则。
作为一种解决方法，我找到了一种解决方法，其中 all 规则有一个输入 checkpoint 和一个 checkpoint 规则，它位于Snakefile 并枚举所需的最终输出 rules.rule_X.output.output_Y。但是，我发现此解决方法有些人为设计（导致未触及检查点但其输入被触及的问题）并且我很好奇是否有人有更好的方法。也可以修补 Snakemake，使 all 规则可以驻留在 Snakefile 的 end 处，尽管我不确定这是否可行。
这里的人对是否有像我讨论过的那样更清洁的环境有任何建议吗？或者 Snakemake 的补丁是否可以解决这个问题？
all规则确实可以存在于Snakefile的末尾。你只需要调用 snakemake -- all.