两个名称不一致的变量作为 Snakemake 规则的输入

Question

如果命名不一致并且它们都在同一个文件夹中，我如何在 snakemake 中为规则配对输入数据？例如，如果我想使用每对样本作为每个规则的输入：

PT1 T5
S6 T7
S1 T20

在这个例子中，我想要 3 对 PT1 & T5、S6 & T7、S1 & T20，所以首先，我想创建 3 个文件夹：

PT1vsT5
S6vsT7
S1vsT20

然后用manta进行分析，将结果输出到这3个文件夹中。

在下面的管道中，我希望 GERMLINE 样本成为每行中的第一个元素（PT1、S6、S1），而 TUMOR 样本成为第二个元素（T5、T7、T20）。

rule all:
 input:
      expand("/{samples_g}vs{samples_t}", samples_g = GERMLINE, samples_t = TUMOR),
      expand("/{samples_g}vs{samples_t}/runWorkflow.py", samples_g = GERMLINE, samples_t = TUMOR),

# Create folders
rule folders:
  output: "./{samples_g}vs{samples_t}"
  shell: "mkdir {output}"

# Manta configuration
rule manta_config:  
  input:
       g = BAMPATH + "/{samples_g}.bam",
       t = BAMPATH + "/{samples_t}.bam"
  output:
       wf = "{samples_g}vs{samples_t}/runWorkflow.py"
  params:
       ref = IND,
       out_dir = "{samples_g}vs{samples_t}/runWorkflow.py"
  shell:
       "python configManta.py --normalBam {input.g} --tumorBam {input.t} --referenceFasta {params.ref} --runDir {params.out_dir} "

我可以通过使用包含对的 .txt 作为输入然后使用循环来实现吗？如果是这样我应该怎么做？不然怎么办？

Answer 1

您可以使用任何适当的 python 代码生成输入或输出文件列表 "manually"。例如，您可以按以下步骤生成第一个输入列表：

In [1]: GERMLINE = ("PT1", "S6", "S1")

In [2]: TUMOR = ("T5", "T7", "T20")

In [3]: ["/{}vs{}".format(sample_g, sample_t) for (sample_g, sample_t) in zip(GERMLINE, TUMOR)]
Out[3]: ['/PT1vsT5', '/S6vsT7', '/S1vsT20']

所以这将按如下方式应用：

rule all:
    input:
        ["/{}vs{}".format(sample_g, sample_t) for (sample_g, sample_t) in zip(GERMLINE, TUMOR)],
        ["/{}vs{}/runWorkflow.py".format(sample_g, sample_t) for (sample_g, sample_t) in zip(GERMLINE, TUMOR)],

（请注意，我将 sample_g 和 sample_t 置于单数形式，因为在这种情况下听起来更合乎逻辑，其中这些变量代表单个样本名称，而不是几个样本的列表）

两个名称不一致的变量作为 Snakemake 规则的输入

Two variables with inconsistent names as input for a Snakemake rule

snakemake