Q : Target rules may not contain wildcards Error in Snakemake - No wildcards in Target?

Question

我正在尝试创建一个 snakemake 管道，其输出由特定文件夹中存在的一组排序文件决定。我的文件路径的结构是这样的：

project_dir
>    Snakefile
>    code
>        python_scripts
>            ab1_to_fastq.py
>    data
>        1.ab1_files
>            A.ab1
>            B.ab1
>            C.ab1
>        2.fastq_files

这是我实际的 Snakefile 的代码

import glob
import os

def collect_reads():
    ab1_files = glob.glob("data/1.ab1_files/*.ab1")
    ab1_files.sort()
    ab1_reads = [ab1_file.split('/')[-1].replace('.ab1', '') for ab1_file in ab1_files]
    return ab1_reads

READS = collect_reads()
print(expand("data/2.fastq_files/{read}.fastq", read=READS))

rule convert_ab1_to_fastq:
    input:
        ab1="data/1.ab1_files/{read}.ab1"
    output:
        fastq="data/2.fastq_files/{read}.fastq"
    shell:
        "python code/python_scripts/ab1_to_fastq.py --ab1 {input.ab1} --fastq {output.fastq}"

rule all:
    input:
        fastq=expand("data/2.fastq_files/{read}.fastq", read=READS)

我的理解是 all 应该是我的目标规则，并且该规则中 fastq 的输入变量评估为

['data/2.fastq_files/A.fastq', 'data/2.fastq_files/B.fastq', 'data/2.fastq_files/C.fastq']

当我运行我的脚本时，管道中的打印输出似乎证实了这一点。但是，每当我运行这个脚本时，我都会收到错误 WorkflowError: Target rules may not contain wildcards. Please specify concrete files or a rule without wildcards.。

奇怪的是，我可以从expand生成的列表中复制其中一个路径来直接调用snakemake，例如snakemake data/2.fastq_files/A.fastq 管道成功完成。

我错过了什么？

Answer 1

可能是 snakemake 认为您的目标规则是 convert_ab1_to_fastq 而不是 all。默认情况下，snakemake 将第一个规则作为目标规则。先声明all，看看能不能解决你的问题。

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Q : Target rules may not contain wildcards Error in Snakemake - No wildcards in Target?

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