手动创建 snakemake 通配符

Question

我正在努力将我的示例 sheet (TSV) 集成到我的管道中。具体来说，我想手动定义样本通配符，而不是从补丁中读取它。原因是并非路径中的所有样本都应该被分析。相反，我制作了一个样本 sheet，其中包含样本列表、查找路径、参考基因组等

sheet 看起来像这样：

name    path                reference
sample1 path/to/fastq/files mm9
sample2 path/to/fastq/files mm9

我在 snakefile 中加载 sheet:

table_samples = pd.read_table(config["samples"], index_col="name")
SAMPLES = table_samples.index.values.tolist()

第一条规则应该合并里面的 FASTQ 文件，所以做这样的事情会很好：

rule merge_fastq:
  output:  "{sample}/{sample}.fastq.gz"
  params:  path = table_samples['path'][{sample}]
  shell:   """
           cat {params.path}/*.fastq.gz > {output}
           """

但是如上所述，它不起作用，因为示例通配符未定义。有没有一种方法可以说我在上面定义的示例列表 (SAMPLES) 包含应执行规则的所有示例？

老实说，问这个问题我觉得很愚蠢，但我已经花了几个小时 finding/searching 一个解决方案，在这一点上我需要更省时 :D

谢谢！

Answer 1

您只需要一个目标规则，在您的规则之后列出您想要的所有具体文件 "merge_fastq":

rule all:
    input: expand("{sample}/{sample}.fastq.gz",sample=SAMPLES)

此规则必须放在其他规则的顶部。仅当您在工作流结束时定义了所需的具体文件时，才能使用通配符。

手动创建 snakemake 通配符

Manually create snakemake wildcards

snakemake