使用 RStudio 编译 RMarkdown：为什么要阅读 .RProfile？
Compiling RMarkdown with RStudio: why reading .RProfile?
为什么 RStudio 在从 .Rmd 编译 .HTML 时试图读取我的 .RProfile 文件？
我的意思是，我按下 "Knit HTML" 按钮，然后它实际上尝试执行我在 .RProfile 中的所有内容，加载那里提到的每个库，然后尝试获取外部文件失败（我有一堆.RProfile中提到的自编码函数，source('/Users/me/.rstudio-desktop/lib/lib.stocks.R')等行
现在，我真的必须在编译（编织）期间将 .RProfile 从主目录移出，但可能应该有某种选择，或者什么？
如有任何建议将不胜感激:)。
OS X 10.8.5，RStudio 版本 0.98.1091
根据定义，这就是 .Rprofile 所做的。当 R 启动时，它会读取并执行该文件。 RStudio 启动一个新的 R 会话来编译 R Markdown 文档，R 会话读取 .Rprofile，除非你告诉 R 会话不要这样做（例如通过 R --no-init-file 或 R --vanilla），但是目前您无法真正控制 RStudio 如何启动 R 会话。我认为@rawr 提到的 if (interactive()) 是一个非常好的主意，也是我经常使用的（我希望我的非交互式 R 会话是 "clean"）。
我不熟悉在 RStudio 中使用项目，所以如果我误解了问题或做了一些愚蠢的事情，请教我。但听起来问题确实在于您的 .Rprofile 对于特定文档来说太大了。
如果您为给定文档创建新项目，它们将拥有自己的 .Rprofile，可以根据文档的需要进行定制。
更具体地说，我为我开始的每个新项目制作了一个模板 copy/paste。它只是一个看起来像这样的文件夹：
项目模板（文件夹）
- 数据（文件夹）
- 脚本（文件夹）
- 输出（文件夹）
- 文档（文件夹）
新 Project.Rproj
.Rprofile
.Rprofile 包括 tidyverse 和我经常使用的其他包，我会根据需要向其中添加其他包。当然，如果您正在从事一个需要大量大型 and/or 自制包的大型项目，并且您只是想在该项目中制作一个小文档，那么您将 运行 遇到这个问题再次.
我相信你很久以前就解决了这个问题，但我希望这能帮助任何人（像我一样）在进行故障排除时遇到这个页面。
为什么 RStudio 在从 .Rmd 编译 .HTML 时试图读取我的 .RProfile 文件？
我的意思是，我按下 "Knit HTML" 按钮，然后它实际上尝试执行我在 .RProfile 中的所有内容，加载那里提到的每个库，然后尝试获取外部文件失败（我有一堆.RProfile中提到的自编码函数，source('/Users/me/.rstudio-desktop/lib/lib.stocks.R')等行
现在，我真的必须在编译（编织）期间将 .RProfile 从主目录移出，但可能应该有某种选择，或者什么？
如有任何建议将不胜感激:)。
OS X 10.8.5，RStudio 版本 0.98.1091
根据定义，这就是 .Rprofile 所做的。当 R 启动时，它会读取并执行该文件。 RStudio 启动一个新的 R 会话来编译 R Markdown 文档，R 会话读取 .Rprofile，除非你告诉 R 会话不要这样做（例如通过 R --no-init-file 或 R --vanilla），但是目前您无法真正控制 RStudio 如何启动 R 会话。我认为@rawr 提到的 if (interactive()) 是一个非常好的主意，也是我经常使用的（我希望我的非交互式 R 会话是 "clean"）。
我不熟悉在 RStudio 中使用项目，所以如果我误解了问题或做了一些愚蠢的事情，请教我。但听起来问题确实在于您的 .Rprofile 对于特定文档来说太大了。
如果您为给定文档创建新项目，它们将拥有自己的 .Rprofile，可以根据文档的需要进行定制。
更具体地说，我为我开始的每个新项目制作了一个模板 copy/paste。它只是一个看起来像这样的文件夹：
项目模板（文件夹）
- 数据（文件夹）
- 脚本（文件夹）
- 输出（文件夹）
- 文档（文件夹） 新 Project.Rproj .Rprofile
.Rprofile 包括 tidyverse 和我经常使用的其他包，我会根据需要向其中添加其他包。当然，如果您正在从事一个需要大量大型 and/or 自制包的大型项目，并且您只是想在该项目中制作一个小文档，那么您将 运行 遇到这个问题再次.
我相信你很久以前就解决了这个问题，但我希望这能帮助任何人（像我一样）在进行故障排除时遇到这个页面。