如何访问“shell”部分中的 Snakemake 配置变量？

Question

在 snakemake 中，我想从 shell: 指令中访问 config 中的键。我可以使用 {input.foo}、{output.bar} 和 {params.baz}，但不支持 {config.quux}。有办法实现吗？

rule do_something:
    input: "source.txt"
    output: "target.txt"
    params:
        # access config[] here. parameter tracking is a side effect
        tmpdir = config['tmpdir']
    shell:
        # using {config.tmpdir} or {config['tmpdir']} here breaks the build
        "./scripts/do.sh --tmpdir {params.tmpdir} {input} > {output}; "

我可以将我想要的配置部分分配给 params 下的一个键，然后使用 {param.x} 替换，但这有不需要的副作用（例如，参数保存在snakemake 元数据（即 .snakemake/params_tracking）。使用 run: 而不是 shell: 是另一种解决方法，但是直接从 shell 块访问 {config.tmpdir} 将是最理想的.

Answer 1

"./scripts/do.sh --tmpdir {config[tmpdir]} {input} > {output}; "

应该在这里工作。

文档中有说明： http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/configuration.html#standard-configuration

"For adding config placeholders into a shell command, Python string formatting syntax requires you to leave out the quotes around the key name, like so:"

shell:
    "mycommand {config[foo]} ..."

如何访问“shell”部分中的 Snakemake 配置变量？

How can one access Snakemake config variables inside `shell` section?

snakemake