给一个字符串在drake中定义一个文件依赖

Question

我正在学习 drake 定义我的分析工作流程，但我无法将数据文件作为依赖项。

我在 drake_plan() 中使用了函数 file_in()，但它只有在我直接提供文件路径时才有效。如果我用 file.path() 函数或存储该文件路径的变量给它，它就不起作用。

示例：

# preparation
library(drake)

path.data <- "data"
dir.create(path.data)
write.csv(iris, file.path(path.data, "iris.csv"))

工作计划：

# working plan
working_plan <-
  drake_plan(iris_data = read.csv(file_in("data/iris.csv")),
             strings_in_dots = "literals")
working_config <- make(working_plan)
vis_drake_graph(working_config)

此计划工作正常，文件 data/iris.csv 被视为依赖项

Working plan

不工作计划：

# not working
notworking_plan <-
  drake_plan(iris_data = read.csv(file_in(file.path(path.data, "iris.csv"))),
             strings_in_dots = "literals")
notworking_config <- make(notworking_plan)
vis_drake_graph(notworking_config)

此处它试图读取文件 iris.csv 而不是 data/iris.csv。

工作但依赖问题：

# working but "data/iris.csv" is not considered as a dependency
file.name <- file.path(path.data, "iris.csv")
notworking_plan <-
  drake_plan(iris_data = read.csv(file_in(file.name)),
             strings_in_dots = "literals")
notworking_config <- make(notworking_plan)
vis_drake_graph(notworking_config)

最后一个工作正常，但该文件不被视为依赖项，因此如果此文件发生更改，drake 不会重新运行计划。

Not working drake plan

那么，有没有办法从变量中分辨出 drake 文件的依赖关系？

Answer 1

在 Github 上的开发人员 answer 之后，file_in() 中的代码未被评估，因此无法在其中使用 file.path。

Answer 2

每时每刻，如果您在 file.path() 前面添加 !!，它将被评估而不是被引用。

此外，在新版本的 drake 中，不推荐使用 strings_in_dots = "literals" 参数。

library(drake)
path.data <- "data"
dir.create(path.data)
write.csv(iris, file.path(path.data, "iris.csv"))

# now working
notworking_plan <-
  drake_plan(iris_data = read.csv(file_in(!!file.path(path.data, "iris.csv"))))
notworking_plan
#> # A tibble: 1 x 2
#>   target    command                           
#>   <chr>     <expr>                            
#> 1 iris_data read.csv(file_in("data/iris.csv"))

^{由 reprex package (v0.2.1)}

于 2019-05-08 创建

给一个字符串在drake中定义一个文件依赖

Give a character string to define a file dependency in drake

r

drake-r-package

示例：

工作计划：

不工作计划：

工作但依赖问题：