带有通配符的 WorkflowError

Question

我想使用 snakemake 对 fastq 文件进行 QC，但它显示：工作流错误：

Target rules may not contain wildcards. Please specify concrete files or a rule without wildcards.

我写的代码是这样的

SAMPLE = ["A","B","C"]

rule trimmomatic:
    input:
        "/data/samples/{sample}.fastq"
    output:
        "/data/samples/{sample}.clean.fastq"
    shell:
        "trimmomatic SE -threads 5 -phred33 -trimlog trim.log {input} {output} LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:16"

我是新手，有知道的请告诉我。非常感谢！

Answer 1

您可以执行以下操作之一，但您很可能想执行后者。

通过命令行明确指定输出文件名：
```
snakemake  data/samples/A.clean.fastq
```
这将运行规则创建文件 data/samples/A.clean.fastq

使用 rule all 指定要在 Snakefile 本身中创建的目标输出文件。 See here 以了解有关通过 rule all

添加目标的更多信息

SAMPLE_NAMES = ["A","B", "C"]

rule all:
    input:
        expand("data/samples/{sample}.clean.fastq", sample=SAMPLE_NAMES)

rule trimmomatic:
    input:
        "data/samples/{sample}.fastq"
    output:
        "data/samples/{sample}.clean.fastq"
    shell:
        "trimmomatic SE -threads 5 -phred33 -trimlog trim.log {input} {output} LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:16"

带有通配符的 WorkflowError

An WorkflowError with wildcards

error-handling

wildcard

snakemake