无法 save/write 树数据 plotBS() 结果

Question

我在 phyDat 的 class 中对齐了序列。这是一个最小的例子：

library(seqinr)
seqs <- DNAMultipleAlignment( c(a1 = "------ATGTTCATTAACCGCTGACTATTCTCAACCA",
                                a2 = "------ATGTTCACCGACCGCTGACTATTCTCTACAA",
                                a3 = "---GTGACCTTCATCAACCGATGATTATTCTCAA---",
                                a4 = "---TCAGTCGTCACCAGGCGTTG-CAGGACCCGAC--",
                                a5 = "ATGGGGGTCTTCCTCA-TCGCCGTCGCCGCGT-----"))

library(phangorn)
phyDat_seqs <- as.phyDat(seqs)

我按照manual of phangorn package构建了系统发育树。（下面我写了一个简化代码，不用看说明书，直接运行代码即可）

dm <- dist.ml(phyDat_seqs)
treeNJ <- NJ(dm)

fit <- pml(treeNJ, data=phyDat_seqs)
fitGTR <- optim.pml(fit, model="GTR")

bs <- bootstrap.pml(fitGTR, bs=5, optNni=TRUE)

我可以简单地用 plotBS 绘制这棵树：

plotBS(fitGTR$tree, bs, type="p")

目前没有问题。我的问题从这点开始。

我想使用 ggtree 包自定义这棵树，但我不知道该怎么做。当我使用 ggtree(fitGTR$tree) 时，它给了我不同的树。

plotBS 以某种方式使用 bs 值来更改树分支。如果你比较 plot(fitGTR$tree, type="p") 和 plotBS(fitGTR$tree, bs, type="p") 的区别就很容易看出。 ggtree() 和 plot() 构建相同的树，但不是我要自定义的树。

我尝试了不同的方法，例如使用 write.tree 或 write.nexus 函数保存树并使用 ggtree 包函数再次调用文件，但我无法保存 plotBS 树的版本。如何获得 plotBS 树的输出？

提前谢谢你。

Answer 1

出现问题是因为我误读了文档。我在这一行中犯了一个错误：

plotBS(fitGTR$tree, bs, type="p")

必须通过midpoint()函数构造树。因此，当我将行更改为：

plotBS(midpoint(fitGTR$tree), bs, type="p")

没有出现问题。我可以使用 ggtree 并且我可以 save/write 树数据没有问题。

即使我无法弄清楚 midpoint() 函数对树的实际作用（您可以对此发表评论），问题也已解决。

无法 save/write 树数据 plotBS() 结果

Unable to save/write tree data that plotBS() results

r

phylogeny

ggtree