尺度变换中产生的 NaN

Question

我正在尝试创建一个 ggparcoord 图，其中记录了一些具有正值和负值的数据的 y 值：

x = data.frame(a=2*runif(100)-1,b=2*runif(100)-1,c=2*runif(100)-1,d=2*runif(100)-1,e=2*runif(100)-1)
dim(x)
[1] 100   5

然后我尝试绘制平行坐标图：

library(GGally)
ggparcoord(x, columns=1:5, alphaLines=0.5) + scale_y_log10()

并收到以下错误：

Warning messages:
1: In scale$trans$trans(x) : NaNs produced
2: Removed 167 rows containing missing values (geom_path).

我认为当我们对负值进行对数时会产生 NaN。但是，我不明白为什么当 x 的维度为 100 行时，167 行包含缺失值。

无论如何，我尝试通过简单地将值 2 添加到 x 中的每个索引来解决这个问题（这样 x 中的值现在介于 +1 和 +3 之间）。

x=x+2
ggparcoord(x, columns=1:5, alphaLines=0.5) + scale_y_log10()
Warning messages:
  1: In scale$trans$trans(x) : NaNs produced
2: Removed 167 rows containing missing values (geom_path).

但是，我收到了同样的信息。知道如何解决这个问题吗？

Answer 1

ggparcoord函数默认有参数scale="std"，它为每个变量减去均值并除以标准差。这是一个自然的默认设置，因为您正试图绘制一堆不同的变量，这些变量可能在同一 y 轴上具有非常不同的比例。不幸的是，对于您的应用程序，这意味着将 2 添加到 x 将被缩放反转，负值将保留。

解决此问题的方法是删除缩放：

ggparcoord(x, columns=1:5, scale="globalminmax") + scale_y_log10(breaks=c(1, 2))

尺度变换中产生的 NaN

NaNs produced in scale transform

error-handling

r

nan

parallel-coordinates