是否可以使用 snakemake 为每个 shell 规则添加块

Question

我正在使用 snakemake 来构建工作流程，我想知道当我运行构建工作流程时是否可以向每个规则的 'shell' 指令添加块？

例如，我在 snakefile 中有这些规则：

rule rule1:
  input:...
  output:...
  shell:"rule1command"

rule rule2:
  input:...
  output:...
  shell:"rule2command"

当我运行工作流时，我想在执行每个 shell 命令时添加一个默认块，例如：我想定义一个默认的 prefix 块："hostname; echo 'good luck''"，然后在执行 rule1command 和 rule2command 时，它应该首先输出主机名和 echo "good luck"。

这可能吗？

Answer 1

您可以使用字符串连接：

prefix_block = """
    hostname
    echo 'good luck'
    """

rule rule1:
  input:...
  output:...
  shell: prefix_block + "rule1command"

rule rule2:
  input:...
  output:...
  shell: prefix_block + "rule2command"

Answer 2

OK，终于在FAQ部分从snakemake文档中找到了解决方案：

You can set a prefix that will prepended to all shell commands by adding e.g.

shell.prefix("set -o pipefail; ")

是否可以使用 snakemake 为每个 shell 规则添加块

Is that possible using snakemake to add block to every shell rule

snakemake