运行 具有来自同一工作目录的不同配置的 snakemake 管道
Running a snakemake pipeline with different configs from same working directory
snakemake 管道可以 运行 具有来自同一工作目录的两个不同配置吗？
此处的配置文件将有一个 "project name" 参数，用于定义管道的输入和输出路径。由于 snakemake 锁定了工作目录，我想知道 运行 在同一个工作目录中使用不同配置文件的同一个管道是否会导致一些冲突。如果是，对于这种情况是否有任何可行的替代策略？
是的，您可以使用 $snakemake --configfile my_config_file 选择配置文件。您可以同时 运行 两个 snakemake 实例。 Snakemake 不会锁定目录本身。它有两种类型的锁，输入锁和输出锁。如果两个工作流程创建的文件之间没有重叠，则它们可以同时 运行。如果工作流将创建的文件有重叠，您应该先创建这些文件。输入文件中的重叠不是问题。工作流仅在完成/中断后释放它的锁。 snakemake 设置锁需要一些时间，因此同时启动两个实例有时会导致问题。
snakemake 管道可以 运行 具有来自同一工作目录的两个不同配置吗？
此处的配置文件将有一个 "project name" 参数，用于定义管道的输入和输出路径。由于 snakemake 锁定了工作目录，我想知道 运行 在同一个工作目录中使用不同配置文件的同一个管道是否会导致一些冲突。如果是，对于这种情况是否有任何可行的替代策略？
是的，您可以使用 $snakemake --configfile my_config_file 选择配置文件。您可以同时 运行 两个 snakemake 实例。 Snakemake 不会锁定目录本身。它有两种类型的锁，输入锁和输出锁。如果两个工作流程创建的文件之间没有重叠，则它们可以同时 运行。如果工作流将创建的文件有重叠，您应该先创建这些文件。输入文件中的重叠不是问题。工作流仅在完成/中断后释放它的锁。 snakemake 设置锁需要一些时间，因此同时启动两个实例有时会导致问题。