Rstudio 中的源.bashrc

Question

我刚刚在 Ubuntu 18.04 LTS 中本地安装了一些 Perl 模块。

像这样使用 RStudio 服务器调用它们时

system("perl -MBio::TreeIO -e 1")

我收到以下错误

Can't locate Bio/TreeIO.pm in @INC (you may need to install the Bio::TreeIO module) (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26.1 /usr/local/share/perl/5.26.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.26 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26 /usr/share/perl/5.26 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base)

当我在终端source ~/.bashrc时一切正常。

我尝试创建一个 ~/.Rprofile 包含：

system(". ~/.bashrc")

但不好。

Answer 1

根据 R shell 中的运行 help(Startup) 访问的文档，您应该在主目录中创建一个文件 .Renviron，当启动一个新的 R 会话。例如：

.Renviron

FOOBAR=/foo/bar/foo/bar

R shell

R
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...

> cat(Sys.getenv("FOOBAR"), "\n")
/foo/bar/foo/bar

因此只需创建 .Renviron 文件，并将 PERL5LIB 变量设置为本地 perl 软件包安装目录。

Rstudio 中的源.bashrc

Source .bashrc in Rstudio

ubuntu

perl

r

perl-module

rstudio-server