如何使用 SLURM 集群的远程分区连接 to/use MySQL？
How to connect to/use MySQL using a remote partition of a SLURM cluster?
我正在尝试使用 Orthomcl，其中包括在 Linux 中使用 MySQL。我可以访问一个大学范围的集群，该集群设置有一个基本登录界面，用于非常小的命令（<5 分钟，低内存）和多个远程分区，我只能通过 SLURM 与之交互。这些分区没有交互式命令。
我没有 sudo 权限，所以我安装了本地版本的 MySQL，并且能够通过登录和其他监听端口打开 MySQL 连接（这些最终都是 运行 通过登录）。
我暂时摆脱了这个问题，并达到了将大型 table (~140GB) 加载到我的 orthomcl 数据库中的地步。但是，当我开始集群并且 jig 启动时，IT 终于抓住了我！但是他们没有时间帮我找到在任何其他分区上 运行 MySQL 的方法...我需要 运行 在其他分区之一上执行我的资源密集型命令，但我不知道如何在没有直接命令行访问或使用 SLURM 语法的情况下执行此操作。
有什么想法吗？我只是一个笨手笨脚的生物学家
如果以后有人 运行 遇到这个问题，我找到了一个解决方法。再一次，我笨手笨脚，所以 我保证这不是最佳做法，但它对我有用。
首先，我将 .cnf 和 .config 文件中的端口更改为集群上的非登录侦听端口。
我使用批处理脚本在非登录分区上启动 MySQL 实例，来自 WSU 的这个优秀资源：https://hpc.wsu.edu/programmers-guide/running-databases/
我无法在其中获取 运行 的 orthomcl 命令，所以我只是在故障安全停止点之后将其剪切。
sbatch start.sh
我得到了在 slurm outfile 中分配的分区节点的名称，然后我检查它在日志文件中是否打开并使用
srun --nodelist=nodename mysqladmin -S /path/to/special/socket -P port -u root status
然后我可以正常访问和使用该分区
screen srun -p batchpartition --time=d-hh:mm:ss --nodelist=nodename orthomclLoadBlast orthomcl.config similarSequences.txt
OrthoMCL 特定：确保您记得在 orthomcl.config 文件中更改您的端口！
希望有一天有人会给出更好的答案，但这在紧要关头可以奏效。
我正在尝试使用 Orthomcl，其中包括在 Linux 中使用 MySQL。我可以访问一个大学范围的集群，该集群设置有一个基本登录界面，用于非常小的命令（<5 分钟，低内存）和多个远程分区，我只能通过 SLURM 与之交互。这些分区没有交互式命令。
我没有 sudo 权限，所以我安装了本地版本的 MySQL，并且能够通过登录和其他监听端口打开 MySQL 连接（这些最终都是 运行 通过登录）。
我暂时摆脱了这个问题，并达到了将大型 table (~140GB) 加载到我的 orthomcl 数据库中的地步。但是，当我开始集群并且 jig 启动时，IT 终于抓住了我！但是他们没有时间帮我找到在任何其他分区上 运行 MySQL 的方法...我需要 运行 在其他分区之一上执行我的资源密集型命令，但我不知道如何在没有直接命令行访问或使用 SLURM 语法的情况下执行此操作。
有什么想法吗？我只是一个笨手笨脚的生物学家
如果以后有人 运行 遇到这个问题，我找到了一个解决方法。再一次，我笨手笨脚，所以 我保证这不是最佳做法，但它对我有用。
首先，我将 .cnf 和 .config 文件中的端口更改为集群上的非登录侦听端口。
我使用批处理脚本在非登录分区上启动 MySQL 实例，来自 WSU 的这个优秀资源：https://hpc.wsu.edu/programmers-guide/running-databases/ 我无法在其中获取 运行 的 orthomcl 命令，所以我只是在故障安全停止点之后将其剪切。
sbatch start.sh
我得到了在 slurm outfile 中分配的分区节点的名称，然后我检查它在日志文件中是否打开并使用
srun --nodelist=nodename mysqladmin -S /path/to/special/socket -P port -u root status
然后我可以正常访问和使用该分区
screen srun -p batchpartition --time=d-hh:mm:ss --nodelist=nodename orthomclLoadBlast orthomcl.config similarSequences.txt
OrthoMCL 特定：确保您记得在 orthomcl.config 文件中更改您的端口！
希望有一天有人会给出更好的答案，但这在紧要关头可以奏效。